，这也就导致了地方和朝廷的财政矛盾，地方官府为了保证官府的正常运作，要么只能够向百姓摊派，要么就要和朝廷争夺财政权，导致朝廷和地方官府之间矛盾重重。
朱载坖即位以来，在财政上实行的最大的改革，就是预算决算制，建立了地方财政，但是有关地方和朝廷的收入开支分配问题，还没有能够完全厘清，朱载坖认为，要借此次的整理盐政，厘清朝廷和地方的财政关系。
朱载坖认为，海关、钞关、盐政这是属于朝廷完全拥有的财政，与地方无涉，一分一厘都要解运太仓或者由朝廷命令支用，在商税、田赋、徭役折银等赋税上，朝廷和地方实施分税制，即留存起运制度，同时对于朝廷的官军，朱载坖的军饷，朱载坖也做了决定，官军必须吃皇粮，也就是官军的军费、军器、军粮、食盐、被装等全部由朝廷保障，减轻地方官府的负担。
当然，巡检司等地方武装仍旧由地方负责保障，受地方官府和朝廷的双重指挥，地方州县正印可以命令辖区内的巡检司士卒，而朝廷设立的巡检参将、游击等则是负责一定区域内的治安维护，，朱载坖要求张居正详细的拟定朝廷和地方的权责，并且形成制度，昭告天下，朝廷和地方都要明确权责，这样在大计的时候，才好明确责任，施以奖惩。
而在张居正和朱载坖商量这些事情的时候，内阁其他阁臣们也在积极的行动起来，张居正给他们所分派的任务，其用意是什么，他们都很清楚，朱载坖对于最近的事情肯定是极为不满的，所以才在张居正回阁理事之后命令张居正处理此事，可见朱载坖是极为不满的，一旦朱载坖真的爆发的话，大家都没有好果子吃。
所以阁臣们赶紧灭火的灭火，商议的商议，除了给自己的小弟们传话之外，阁臣们之间也在相互商量起来，首先就是余有丁和申时行的商量，因为他们一个负责两浙运司，另一一个负责两淮运司，这两个运司都是大明盐政中极为重要的运司，为朝廷贡献了大笔的盐税。
而对于这两个运司来说，行盐上的纷争也是不小的，两浙运司和两淮运司的争端，主要是在苏松常镇和徽州府，这里是大明
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