强对于东南的控制，首先就是严厉打击这些所谓的豪强，把他们打怕、打服，同时加以分化瓦解，对于愿意帮助朝廷的，也绑上朝廷的战车，比如松江徐家，在朱载坖的扶持之下，已经成为东南棉纺织业的巨头，每年的收入是极为惊人的，而且可以得到来自朝廷的大量订单，对于徐阶来说，他们是从朝廷获得了极大的好处的，徐家也是朝廷所树立起来的一个榜样，通过徐家，朝廷展示的态度就是愿意服从朝廷的，朝廷也会给予相应的好处。
在朱载坖这么多年的打击和拉拢并用之后，东南的这些巨室豪门至少明面上是不敢和朝廷作对了，朝廷的威信再次重新再东南树立起来了，但是朱载坖很清楚，仅凭这套办法，虽然可以暂时安定住东南，但是不是长治久安之道，朝廷虽然以绝对的实力重新再东南建立起了管理机构，但是对于东南来说，最重要的就是要控制教育。
东南文风鼎盛，教育发达，是大明文化最发达的地方，每科取士，东南的生员、举子们也确实是表现不错，正因为如此，朝廷对于东南的文教才要更加上心，朱载坖对于所谓的书院、讲学，一向是极为反感的，他们往往整一些惊世骇俗的言论，还有就是通过讲学聚敛人气，造势，甚至是借所谓的士林清议，操控舆论，影响朝廷决策，这都是朱载坖极为厌恶的。
所以朱载坖在后来，实施了将全国书院统一官办，由朝廷任命教谕、学官等加以管理的措施，目的就是管束这些生员士子，使得他们安心学习，不要去议论这些国事，朱载坖这次派遣朱翊釴来巡视，学政也是一个十分重要的问题，南直、浙江等处，书院甚多，尤其是南京，大明陪都所在，一向是文人墨客所聚集的地方，朱载坖要求朱翊釴了解这些书院的情况还有这些生员的动向，为朝廷后续的政策提供数据支持。
对于东南的这些生员士子，沈鲤也是极为头疼的，东南文风鼎盛，文人众多，但是朝廷取士数量是一定的，据沈鲤的统计，对于东南各省的生员们来说，最痛苦的不是会试，而是乡试。乡试的录取率远远低于会试。生员要参加乡试，必须要跨越一道门槛，即科考，
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