但是还承担了其他很多不该承担的事情，最痛苦的就是京操，中都留守司的军士照例也要参与京操，而且很扯淡的是，中都留守司的士卒不去参加南京京操，而是参加京师京操，要跋涉千里，赶赴京师而去，而中都留守司士卒赤贫，连路上的行粮都没有，谈何前往京师操练？
凤阳地方官府和留守司府库都是空空如也，哪里有钱粮为这些京操的士卒们提供行粮啊，所以所造成的结果就是京操士卒还没出凤阳多远就四散奔逃哗变，甚至落草为寇，留守司的兵力不足，又因为京操导致大量的士卒逃亡，现在在籍军士不到四分之一，所谓中都防御，已经是一句扯淡的话了。
所以朱翊釴向朱载坖上奏，请求暂停中都留守司的京操，休养生息，同时查阅旧档之后发现，中都留守司在大明还真是一个很特别的存在，洪武、永乐时期的中都留守司，是大明为数不多的全操都司，整个中都留守司八卫一所全伍守城，军余子弟，三分守城，七分屯田，保持了一支极为可靠的机动部队在江淮之间，信国公汤和、曹国公李文忠都曾经练兵于凤阳，曾经的中都留守司也是兵强马壮。
但是现在士卒逃亡，军器不存，朱翊釴向朱载坖奏请从流民中选拔有家有口的，发给土地，优先充为中都留守司军户，因为有家口在不容易逃亡，这是大明选择军户的一向条件，优先充实中都留守司，然后在安顿流民，同时将现在所剩余的一万余军士，全部转为脱产士卒，发给军饷粮食，保障军器。
在朱载坖身边这么久，又受过马芳、戚继光、俞大猷等一众名将的教导，朱翊釴还是有一些军事眼光的，他很清楚，当年太祖、成祖为什么要保证中都留守司有很强的战斗力，不仅仅是因为凤阳是龙兴之地，更重要的是凤阳的战略地位重要，东与淮扬隔江相望，西接六安，北护应天府，扼江淮之要，为淮扬和应天府的屏障，一旦有事，守江必守淮，中都留守司就是大明保全半壁江山的保障。
而同时也是朝廷控扼江南的武力支柱，与南京京营一道威慑江南，中都留守司是朝廷控制江北的重要武力支柱，要是中都留守司得力的话，河南、南
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