和重臣们商量完了之后，朱载坖正式昭告天下，明年南巡南京，祭祀孝陵，这一举动无疑激起了巨浪，很多官员纷纷上疏，要求朱载坖不要南巡，列举了很多的原因，请求朱载坖不要南巡，但是朱载坖都是置之不理。
甚至有些官员上疏称：有人言，神龙不可以失所，人主不可以轻行，故八骏游而周替骊山，幸而秦亡。夏之太康，隋之炀帝皆以弃离宫阙，远事巡行卒致。祸败兴亡之迹，可为殷鉴。
就差指着朱载坖的鼻子骂了，把朱载坖比作隋炀帝这样的亡国之君，朱载坖也不惯着他们，该贬官的贬官，该申斥的申斥，反正朱载坖南巡的心意已决，谁说都没有用，尽管在南京的张居正也向朱载坖上疏，说南京宫殿陈旧，要维修起来十分麻烦，建议朱载坖缓一缓。
但是朱载坖依旧没有同意，下旨给张居正，将南京宫殿修整一两处可以居住就行，其余的不必大动，朱载坖当然知道，虽然朝廷每年也在拨款维修南京宫殿，但是无论是南京工部还是南京内守备太监，他们都认为皇帝远在京师，不可能到南京来的，所以朝廷拨的维护宫殿的银子，大部分都进了他们私人的腰包。
现在朱载坖要巡幸南京，他们害怕事情暴露，肯定会极力阻止朱载坖南巡的，朱载坖也通过密旨明确要求张居正告知他们，朱载坖对于追究之前的陈年旧事没有任何兴趣，只要修复部分宫殿，足够居住就行了。
在朱载坖的指示下，户部、兵部、五军都督府开始南巡的准备工作了，经过户部尚书马森的提请，朱载坖准允以济宁为界，济宁以北的州县，从藩库中拨出钱粮供应随驾护卫官军，然后从隆庆三年的起运钱粮中扣除，济宁以南的州县，运河解冻之后，将东南解运的本色田赋在沿路留下部分，以供随驾官军使用。
同时命令总督河漕都御史潘季驯巡察运河，查漏补缺，防止出现意外，都察院会同工部派出巡河御史和管河郎中巡视运河，同时内官监和工部打造、修理龙舟，准备出巡的车驾等物，兵部开始调集护卫官军。
同时兵部严令地方州县及按察使、镇守总兵官等，要扫除沿路的土匪、流寇等一切不法之徒，严
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