卫，也在东厂的监督之下，而锦衣卫主要负责查办大案、搜集军事情报、维持军纪，纠察军中各种不法之事。
所以锦衣卫的职权反而是得到了加强，原本一卫的编制显然是不够的，锦衣卫的级别也水涨船高，朱载坖下令，原锦衣卫升格为正二品都指挥使司，锦衣卫也正式改称锦衣都司，除原南北镇抚司、诏狱仍然保留之外，按照五军都督府设立前后中左右五卫，按地域负责对整个大明进行监察。
锦衣前卫，下辖辽东、蓟州、宣府、大同、山西五个千户所。
锦衣后卫，下辖广东、广西、云南、四川、贵州五个千户所。
锦衣左卫，下辖陕西、甘肃、宁夏、延绥、固原五个千户所。
锦衣右卫，下辖浙江、福建、湖广、河南、漕运五个千户所。
锦衣中卫，下辖南直隶、直隶、顺天、应天、苏松五个千户所。
所在驻地的锦衣千户所对驻地的各种情报都要加以搜集，尤其是事涉谋反、叛逆、贪墨、邪教等事情，直接同时锦衣都司向皇帝陈奏，同时所在地驻军粮饷兵仗、军容士气、军纪法规，也都是由锦衣卫负责，尤其是犯法士卒、军官，游击以下，许锦衣千户即行正法，游击以上，具折陈奏，等候圣裁。
除了厂卫之外，对于宿卫宫禁的系统，朱载坖也予以调整了，原来负责皇帝贴身侍卫和宿卫宫禁的红盔将军、明甲将军、大汉将军、府军前卫带刀官等，统一整编，设立侍卫处，专门负责宫禁宿卫等事，以定国公徐文壁、京卫都指挥使陆绎充领侍卫内大臣。
同时制定了轮番宿卫宫禁的原则，亲军诸卫、京营、御马监四卫营勇士营各抽一部，负责宫廷宿卫，每十五日轮换一次，朱载坖任命英国公张溶、武定侯郭守乾为领宿卫内大臣。
还有就是有关天下巡检司的管理，之前从孝宗开始，就大肆裁撤巡检司，朱载坖认为并不可取，这样会削弱朝廷对于地方的控制，巡检司的主要职能是所在地方的盗贼缉捕、治安巡防、震慑甚至镇压寇乱等，对于朝廷控制地方有很大好处。
所以朱载坖要求天下各府州县在要害之所、交通要道、土匪横行的地方设立巡检司，同时将巡检司归口
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