对于陆绎的请求，朱翊釴不敢作出决定，一来是他深知锦衣亲军是天子亲兵，自己还不是天子，就直接指挥天子亲兵，这是犯忌讳的，二来就是海瑞不同意将所有涉案官吏全部下诏狱，海瑞可是蹲过诏狱的，他虽然没有遭到锦衣亲军的刑讯，但是诏狱里面是个什么情况，海瑞还是很清楚。
所以海瑞认为涉案的小吏可以下诏狱，但是涉案的官员还是要先下都察院狱，等都察院审理清楚之后，再移送诏狱也不迟。
朱翊釴认为，此事重大，还是应该奏报请旨之后，再做处断，将这一干官吏先全部控制在户部。
而在文华殿，朱载坖命文书房太监将历年以来盗取库银的案件奏报找出来，朱载坖要看看，结果发现，太仓库银被盗，在大明还不是一件稀奇的事情。
太祖朝的郭桓案就自不待言了，从成祖、宣宗、英宗、宪宗以来，历朝都有盗取库银的事情发现，并非什么很稀少的事情，就比较近的来说，嘉靖四十年，户部书手蒋晓因为伪造户部印信及太仓库关防盗取库银被处斩，嘉靖三十一年，刑部尚书应大猷、管理太仓库员外郎汪有执因为一桩盗窃太仓库银的案件被世宗罢免。
正德五年，户部管库主事因库役盗窃太仓库银而被降级调外任，这种案件在大明并非什么稀奇的事情，甚至自己即位之后也有发生。
隆庆二年，由于太仓库监督官员每半年甚至一个月就更替一次，前任、后任官员相互交接时并不开库对其内的存银进行仔细核对，典守官攒于是可以趁机买通军匠从太仓库中偷窃库银。隆庆二年九月，盗窃外库与老库银的典吏被仇家告发，于是太仓库现任监督官员及前后接管官员都受到了不同程度的惩处。
同时加强了对于外库的管理，朱载坖也发现了一些端倪，之前的库银被盗，主要发生在外库，因为外库的银子流动大，各级官吏勾结起来，通过伪造关防的形式，可以很容易的盗取官银，之前发生的这些库银失窃的案子，也多发生了外库，老库少见。
但是从隆庆二年的案子之后，在马森、葛守礼还有高拱等人的严厉整顿之下，朝廷加强了对于太仓的监管，尤其是对于银两流动大
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