殿，朱翊釴向朱载坖奏明了海瑞和陆绎的冲突，请求朱载坖圣裁，朱载坖略一思考之后然后说道：“将一干人犯下诏狱严审，不拘用刑，但是不要弄死了。”
朱翊釴赶紧答应下来，同时朱载坖要亲自交代了此案的侦查方向，朱载坖要求陆绎，将此案的开始时间，涉及的人员，还有他们盗窃库银的数量，每个涉案的官吏盗窃了多少库银，怎么分赃的，都要一一弄清楚，搞明白。
朱载坖很清楚，二十八万两官银，绝对不是一朝一夕能够盗窃的，此案恐怕不是一年两年的事情。
朱载坖随后还派太监询问新任刑部尚书洪朝选，刑部的刽子手中还有没有会剥皮的，这项手艺现在看来要重新利用起来了。
而户部的事情当然是很快就被科道言官们知道了，言官们纷纷上疏，弹劾户部尚书刘体乾，要求刘体乾为此案负责，还有分管太仓的户部侍郎，巡仓御史、户科给事中们，都受到了弹劾，朱载坖将这些弹章先按了下来，同时晓谕内阁，对于相关官员的处分，在查明事情真相之后，再作处断。
而都察院、刑部、大理寺的官员则是上疏认为如此重大的案件，交由厂卫审讯，而不是三法司讯问，于理不合，要求将案犯移送三法司，被朱载坖驳回申斥了。