千户以上军官，由提督、总督向兵部提交名单，由兵部向练兵军务处提报，经朱载坖御批之后，方可任命，对于军官的任免权，要牢牢的控制在朝廷手中，决不能假手他人，杜绝藩镇之弊。
朱载坖命令练兵军务处将这个山西三镇整军方略以密旨的形式下达给山西三镇的总督、巡抚总兵和提督，听取他们的意见，他们认为骑兵还是也要以协为单位，一标骑兵还是太少了，同时他们的认为将大量的边堡士卒划给了都指挥使司之后，都指挥使司和巡抚也要组建自己的机兵，用以边堡之间的互相呼应和镇压盗贼和各种反叛活动。
总之，要是实行新军制之后，三镇官军主要就是野战官军，而地方都指挥使司则是负责边堡的防御和内卫事宜，和地方的关系更加紧密，直接受总督、巡抚的指挥和五军都督府的管理，而三镇官军则是更多的野战和出塞迎敌。
按照山西官员们的建议，朱载坖再次和练兵军务处的参赞军务大臣还有部院大臣商量了之后，认为确实应该增加各都司的机兵，以应对地方可能出现的各种的情况，因为在实行新军制之后，三镇官军是基本不会参与地方事务，直接接受朝廷指挥了，所以在朱载坖和练兵军务处的参赞军务大臣们商量之后，决定以山西都司、山西行都司、万全都司所辖的三十余卫，除了在边堡之外，还要整编出四协机兵。
一协驻太原，兼巡抚标营，负责协防太原，弹压山西全境，一协驻老营堡，负责支援从河曲到磨儿山的边堡，一协驻阳和，负责从威远卫到镇虏卫的边堡，一协驻宣府镇，负责从怀安卫到万全右卫的边堡，同时编练精骑一协，驻太原，有巡抚直接掌握。
这样一来，驻防沿边堡垒和各都司的机兵一共是十万七千余人，他们主要负责守卫边堡，弹压叛乱。
而三镇官军则是统一整编为十五个步骑炮协和五个骑兵协，一共十一万二千五百人，再加上专门给这三镇大军增加的辎重营等，总计人数为十二万七千五百人，其中精骑二万五千余，计划装备火炮一千余门，隆庆十年式燧发火铳六万余支。
整编之后的宣大山西三镇官军加上三都司官军，一共是
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