，分别负责清军、记功、巡按等事情。
同时安东都护府的后勤保障有朝廷专门派员负责，要设立驻朝大臣，以礼部右侍郎兼户部右侍郎担任，负责从朝鲜、天津等处通过海路补给安东都护府，并且负责和朝鲜交涉。
根据廷议的结果，安东都护府下辖陆军二万五千余，分别屯驻于佐渡岛、越后、信浓、甲斐等处，安东都护府驻节佐渡岛。
同时在安东都护实行更戍法，安东都护的驻军以三年为期，三年轮换一次，防止出现藩镇割据的情形，同时还要派遣锦衣亲军等也驻安东都护府。
至于徐渭要求的援兵，从亲军诸卫中抽调一卫，再从班操京军中挑选五千人，前往倭国，凡是镇守倭国的，军饷翻倍，内承运库加五两赏银，以壮行色。
而对于上杉景虎、武田胜赖等人，大明群臣商量之后认为，可以答应武田胜赖的要求，但是必须控制甲斐和信浓的金矿，同时对于这些倭酋，也要加以防范，要求这些倭酋提供安东都护府的粮秣，减少朝廷转运的压力。
至于徐渭和越后、甲斐签订的条约，要大明帮助甲斐、越后训练军队的事情，大臣们经过商讨之后，认为是可以的，但是甲斐、越后的军队不能对大明造成威胁，这点由练兵军务处的参赞军务大臣们负责解决。
朱载坖于是召开军务会议，商讨对于倭国的军事援助问题，大明是需要武装甲斐和越后，但是倭人都是些豺狼，绝对是要加以防范的，不能养虎为患，这点戚继光、俞大猷等人都是深有体会，经过参赞军务大臣们的会商，认为战马、火铳、火药、火炮等军器和技术是绝对不能交给倭人的。
还有甲胄等，也是不能卖给倭人，倭国军队不能拥有火炮等军器，只能有各种冷兵器，不向倭人传授任何有关骑兵和对抗骑兵的战术，不准倭人组建骑兵，所需要的武器，由大明朝廷统一生产之后转运到倭国，至于价格，由安东都护根据倭国的实际情况予以确定，还有就是人数问题。
经过商量之后，练兵军务处认为，越后准练五千之兵，甲斐由于四面临敌，同时还要控制信浓等地，准练兵一万。
而后朱载坖和驻朝廷的少府少卿王直商
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