潘季驯劳堪等人一面向朱载坖奏报此事，一面严审这些运军还有漕帮好老、纤夫头目，而在京师的朱载坖，也已经收到了锦衣亲军和陈矩的密报。
对于发生这种问题，朱载坖早就不稀奇了，当了这么多年皇帝，朱载坖对于大明官吏们在贪墨上花的心思和胆量是极为佩服的，他们只要为了贪墨，可以无所不用其极，这点朱载坖是很清楚的。对于他们贪墨漕粮，朱载坖也早就有所耳闻，之前只不过一直没有找他们算账罢了。
现在朝廷减少漕运数量，与漕运有关的各个利益团体肯定是都急了眼，他们不愿意自己的利益受损，搞出种种动静来，也是正常的事情。
朱载坖下令召见阁部重臣们，将这些奏疏给他们传阅，朱载坖向这些重臣们询问他们对于此事的看法，其实这些重臣们久历政务，对于下面的人是个什么情况也都是很清楚的，朱载坖现在想知道的就是他们不惜制造这么大的案子，到底是意欲何为。
朱载坖就此事和重臣们商讨，户部尚书鄢懋卿倾向于认为是毁灭证据，鄢懋卿认为，朝廷之前每年通过运河转运大量的漕粮，不仅仅有要交解京通仓的漕粮，还有为了转运这些漕粮而向百姓征收的加耗，还有东南数省的起运钱粮及其加耗，都要通过运河转运到京通仓，这其中的猫腻可就是多了去了。
鄢懋卿认为，最大的可能就是通过制造漕船倾覆的事故来毁灭证据，因为之前这些运河上的蠡虫早就伙同地方上的豪强大户，将本该解运到太仓的优质漕粮予以调换变卖了，他们原本的打算是等到今年的漕粮到了之后再发运的，没想到朱载坖命令大幅度减少漕运数量，原本应该由运河漕运的漕粮，大部分转移到了松江府通过海运转运。
而他们早就把本该解运到京师的漕粮给私吞贪墨了，现在要他们拿出来再转运到京师去，自然是不太现实的，所以唯一的办法就是制造事故，让这些漕粮消失掉，这样的话，他们贪墨漕粮的事情才能够一笔勾销。
朱载坖也认为这事是很有可能的，如果是这样的话，事情就很麻烦了，背后牵涉的势力就很多了，地方州县的官吏、地方豪强势力还有与漕运有关
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