有关科道对于此事的议论，朱载坖一律留中不发，同时应劳堪、张学颜等人的要求，朱载坖命令南京锦衣亲军配合钦差办案，现在劳堪已经不敢再信任这些当地的官吏了，劳堪命令将这些涉嫌灭口的漕运总督衙署官吏全部押解到南京锦衣卫的诏狱中羁押起来，要是在南京锦衣亲军的诏狱中还出了事情的话，那就别怪朱载坖动怒了，朱载坖为此还专门给南京守备丰城侯李儒下旨，要他严密南京城防，同时命令陆绎给南京锦衣亲军下令要严密看押这些钦犯，要是出了什么差错，涉事官校一律流放缅甸。
而奉朱载坖上谕的钦差浙直观察使严世蕃抵达南京之后，首先去拜会了督师南京大学士吕调阳，这位大学士相对比较温和，不似张居正和殷士儋在南京的时候，督促实施朝廷法令，绝对不留情面，他是有些和光同尘的，但是眼下出了这么大的事情，作为朝廷派驻的督师大学士，吕调阳的压力也很大，已经有不少言官上疏弹劾于他了，只不过因为现在大家的火力主要集中在劳堪的身上，在加上张居正一直在保他，所以现在还没有出事，但是他很清楚，要是此案再这么拖下去，自己这个督师大学士也没有好果子吃。
所以得知严世蕃来访，吕调阳赶紧亲自出来迎接，吕调阳对严世蕃执晚辈礼，问候道：“东楼公亲赴南都，此案不日即明矣！”
严世蕃并没有理会吕调阳的恭维，而是问道：“以吕阁老之见，此案可有端倪了？”
见严世蕃这么问他，吕调阳屏退下人，对严世蕃说道：“东楼公，以仆之愚见，虽不中，亦不远矣！”
虽然吕调阳没有明说，但是他和严世蕃都很清楚，这其中和东南的这些巨室豪门脱不了干系的，朱载坖这次特地命严世蕃来，也就是存了这个心思，经过朱载坖的几轮打击，东南的地主豪强势力已经远远大不如前了，从迁都以来几句膨胀的士绅地主阶层也被朱载坖严厉的打击了，但是他们在一些特殊的领域仍旧有很大的影响力，这次严世蕃来也就是为了此事。
严世蕃向吕调阳了解的情况之后，就以钦差大令召劳堪、张学颜赴南京商讨办案。
而在京师，自从朱载坖任
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