按照朱载坖的改革，地方有捕快、衙役和巡检司，就能够足够应对地方的一些盗贼流寇了，只要不是特别大的流寇叛军，地方应该是有足够的力量来处理这些事情的。
而朝廷驻各地的卫所官军和镇协野战官军则有其他的任务，卫所官军主要是屯垦和作为镇协官军的预备役，还有从中选拔京操班军作为常备军和地方的城防兵力，这些卫所官军平时由都指挥使负责指挥，对辖区内的城防负责。
而提督、总兵麾下的野战官军则是负责抵御外敌，征战四方的，由提督、总兵官负责训练指挥，这些官军地方官府是无权调动、指挥的，只有被朝廷特赐王命旗牌、令箭的督抚大员才能够凭借上谕、诏书指挥相应的官军在指定的区域作战，对于地方官府的命令，他们不能接受。
朱载坖同时严格军法，擅调卫所官军和镇协官军百人者，以谋反论处，杜绝地方官府过分掌握武力，在地方出现大规模民变、叛乱的时候，由地方官府向督抚请求之后，督抚可以使用王命旗牌或者令箭等信物，依照职权调动官军平叛，但是同时必须向练兵军务处奏报备案，不准擅自调动镇协官军，在用卫所官军能够解决问题的时候，不得调动镇协官军。
这样的话，朝廷就将地方兵权予以削夺，而对于京营和各地的官军，由朝廷予以统一调度，兵部负责清查员额，配置军器，编制军饷、军饷等事项，而练兵军务处则负责监察、接收军器并且监察质量，督导并监察训练，保障官军的战斗力。
同时将卫所的训练、管理、调动等日常事务都划归五军都督府管理，以加强五军都督府的权力，对于卫所体制，朱载坖也在和重臣们商量了之后还是决定对大明的卫所体制予以重大改革。
大明初年，卫所是官军的绝对主力，自京师达于郡县，皆立卫所。外统之都司，内统于五军都督府，而上下十二卫为天子亲军者不与焉。征伐则命将充总兵官，调卫所军领之，既旋，则将上民所佩印，官军各回卫所。作为官军的主力，卫所官军在大明统一天下，征讨北虏的过程中立下了赫赫战功。
但是现在的卫所官军已经早就不是当年的百战雄师了，屯田多被军官吞
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