庆十六年开始，大明海关总署就中断了和佛郎机的贸易，各处大明港口的佛郎机船只、商人当即就被大明海关和缉私水师所扣押，各镇水师则是在近海缉捕佛郎机商船，南洋、缅甸水师则是直接进逼吕宋岛，将吕宋港口予以封锁，不准任何船只出入。
在得知大明水师前来之后，吕宋的佛郎机人当然很清楚为什么大明水师会出现在吕宋海外。但是令他们有些惊慌的事，不仅仅是大明水师，还有就是尼德兰的水师也与大明水师联手了，佛郎机驻吕宋岛的总督连忙派人和大明水师沟通，想要谈判。
但是俞咨皋和邓子龙已经提前得到了朱载坖的密旨，先打了再说，给佛郎机人长长记性，所以俞咨皋、邓子龙在和尼德兰人汇合之后，随即指挥官军水师战舰炮击佛郎机在吕宋的总督府所在地马尼拉，作为佛郎机在吕宋岛上的统治中心，佛郎机人在马尼拉的巴石河南岸建立了城堡和炮台，同时马尼拉港口也是佛郎机舰队的锚地。
面对大明官军的强势，佛郎机驻吕宋的水师也还以颜色，但是由于官军的船只和火炮都远远多于佛郎机，同时这些船只被官军堵在港口之内，射界不佳，俞咨皋、邓子龙用小船满载引火物以火船撞击这些佛郎机船只，试图使用火攻，官军将佛郎机人堵死在城堡中。
然后派出小船和士卒上岸，搜寻大明百姓，很快就找到了当地的华侨，从当地华侨口中，俞咨皋、邓子龙得知了吕宋岛上的惨状，原本吕宋岛上有华侨三万余人，在岛上开垦土地，从事工商贸易，大到富商巨贾，小到走街串巷的游商，大多都是大明百姓。
虽然朝廷在南洋的军事实力逐渐增加，佛郎机人担心吕宋岛上这些华侨日后为大明所用，同时这些佛郎机人垂涎于华侨的财富，故而和当地的土著联合起来屠杀华侨，佛郎机驻吕宋的总督命令佛郎机军队头目丧心病狂地命令士兵“不要放过任何人，遇到即杀”，“在路上、在别处，都毫不迟疑地遇到即杀，尽量多多地砍杀”。
还有这些当地的土著也参与进来，趁火打劫，抢掠、屠杀华侨。
得知此事的俞咨皋和邓子龙大怒，一面安排船只将这些百姓送往缅
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