对于这个问题，左都御史海瑞认为于谦应当配享太庙，原因很简单，虽然英宗皇帝确实杀了于谦，但是实在徐有贞等一帮奸佞的欺骗之下才作出的决定，英宗皇帝事后也非常之后悔，英宗在生前也说过：“于谦实有功。于谦始终景泰朝，被遇若一身，死无余赀。”
而且宪宗皇帝在为于谦平反的诏书中也明确说道：“卿以俊伟之器，经济之才，历事先朝，茂着劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞；惟公道而自持，为机奸之所害。在先帝已知其枉，而朕心实怜其忠。”
孝宗皇帝在上谕中也明确说道：“于谦气禀刚明，才优经济，兼资文武，茂着声猷，当皇祖北狩之时，正国步难危之日，乃能殚竭心膂，保障家邦，选将练兵，摧锋破敌，中外赖以宁谧，人心为之晏然，回銮有期，论功应赏，不幸为权奸所构，乃陨其身，舆议咸冤。”
大明数代先帝都肯定了于谦的功绩，此事天下皆知，若是朱载坖对此事遮遮掩掩的话，反而会让人家觉得朝廷心虚，所以于谦配享太庙，是当之无愧的。海瑞的这个观点也得到了张居正的支持，他也认为这是纲常气节制所在，朝廷正好用此来激励士子们报效国家。
朱载坖也认为正当如此，不仅仅是要肯定于谦的功劳，更加重要的是要借由此事肯定肃宗皇帝的功绩，虽然朱载坖为肃宗皇帝上了尊号，但是在大明的皇帝中，肃宗似乎仍旧有些名不正言不顺的意思，朱载坖正好利用这次功臣配享太庙的机会，为肃宗皇帝正名。
所以朱载坖当即决定，于谦配享肃宗皇帝庙庭。
除此之外，朱载坖还钦点了一人配享仁庙，就是原苏州知府况钟，虽然况钟品级不高，仅仅是三品，远远比不上这些部堂大员或者是内阁辅臣，但是况钟作为大明循吏的代表，朱载坖认为仍然是有很重要的意义的，通过将况钟配享太庙，向天下的官员们传达一个信息，就是配享太庙并非是高级官员们的专利，只要能够向况钟那样，积极任事，为朝廷，为百姓办事，朝廷依旧会予以加赏。
在商量完了这些事情之后，朱载坖宣布在内阁的领导之下，会同翰林院、都察院、吏部、礼部、兵部、
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