而将方逢时调回京师，担任通政使，一方面是对他予以考察重用，另一方面就是加强张居正的权威，通政使的地位是很重要的，不仅作为九卿之一，可以参与廷推等朝廷大政，更重要的主管内外奏疏的进奏，对于张居正来说，这是一个极为重要的职务，方逢时能够担任这个要职的话，对于张居正来说是很重要的。
而严清则是原左都御史赵贞吉所力荐的人，当年严清巡抚四川的时候，因为严惩当地豪强，清丈田亩，得罪了他们，他们通过巡按御史弹劾严清，但是赵贞吉为之辩护，上疏称：“贼起郧、陕，贻害川徼，即有罪，当罪守土臣，不宜专责巡抚。臣深知清约己爱人，省事任怨。今蜀地岁荒民流，方倚清如父母，奈何弃之!任事臣欲为国家利小民，必得罪豪右。论者不察，动以深文求之。顷海瑞既去，若清复罢，是任事之臣皆不免弹击，惟全躯保位为得计矣。”
赵贞吉认为他是和海瑞一样的臣子，而现在陕西三边的重要任务就是发展河套的屯田，储备军粮，加强官军的训练，以为朝廷经略西域和青藏作准备，所以正需要严清这样的臣子前往，所以朱载坖选用了严清为三边总制。
对于朱载坖的这个决定，张居正和申时行都没有表示异议，这一轮两位阁臣的交锋，申时行展现了自己的手腕，绝不是他平日里所表现出来的温润君子作风，而张居正则稳固了自己的地位，虽然申时行依旧在内阁伏低做小，但是张居正已经不敢请示这位状元阁臣了，很多事情都要和申时行商量，已经隐隐超过了次辅潘晟的地位，朱载坖在命令升申时行为文华殿大学士。
同时现在最重要的事情就是增补阁臣，于是内阁再次上奏朱载坖，请求增补阁臣，朱载坖则在看一份特殊的奏疏，是徐阶的密疏，不过徐阶是代人上疏的，为谁呢？原右副都御史吴时来，这位是徐阁老的头号打手，花红双棍级的人物，之前无论是弹劾严嵩、严世蕃还是高拱，他都是冲在最前面的，帮徐阁老咬人。
后来高拱担任首辅，当然不会惯着他，直接在京察中将他黜落，按照大明的规矩，凡是在京察大计中被黜落的官员，除非皇帝特旨
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