之下，原本按照地域所组建的各清吏司已经不能够满足需要了，而且各清吏司的职权和品级太低，难以形成以上率下的作用。
吏部设4个清吏司，户部设13个清吏司，礼部设4个清吏司，兵部设4个清吏司，刑部设13个清吏司，工部设4个清吏司。各司之长官称“郎中”，副职为“员外郎”。各清吏司郎中的品级不过五品，尚不如地方知府的四品，虽然是京官，但是其职权和品级是严重不对应的，他们所掌握的权力极大，尤其是吏部、户部等各司的郎中的权力。
而且清吏司下属的官吏数量都明显不足，难以处理户部纷繁复杂的事务，这点王国光等人也是认同的，但是为了解决这个问题，有两个办法，第一就是扩大清吏司的权力和品级，增加清吏司的官吏数量，吏部的建议就是如此，吏部建议将清吏司由正五品升格为正四品，与知府平级，同时扩充清吏司的官吏数量，以应对现在清吏司所面临的复杂工作。
另外一种办法就是在清吏司上设立署，形成部——署——司三级管理体系，这样也确实是可以解决现在事务过于繁杂的问题，对于此事，朱载坖召集了内阁以及在京四品以上官员商量此事，大部分的官员们赞同第一种办法，认为不必增加管理层级，就可以解决现在的清吏司事务繁杂的问题，官员主要是担心一旦设立三级管理体制，就会导致官吏的数量急剧膨胀，行政效率降低。
事实上从朱载坖即位以来，大明的官吏数量规模已经大规模的增加的，不过之前主要增加的吏员的数量，由于实现了吏员考选制度，朝廷各级官府的吏员数量大幅度增加了，而且采取考选的办法，同时各种新设立的官署也需要大量的官吏，所以这些年大明的官吏数量本来就是膨胀的很厉害，只不过由于财政增长较快，这些新增加的官吏并没有对大明的财政造成很严重的负担。
但是重臣们对于此事仍然是非常之担心，官吏数量的增加会导致冗官的增多，不仅会对大明的财政造成很大负担，也会影响大明的行政效率，前宋三冗之害一直是大明官员们所一直要避免的，所以对于增加机构和相应的官吏，大明朝廷一向是非
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