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而实质审查权则在内阁，内阁辅臣们形式封驳权中的实质审查权力，但是在之前的改革中，朱载坖只是将实质审查权力给了内阁，但是内阁具体怎么行使，由谁行使，并没有予以规定，因为封驳权是一项鲜少动用的权力，内阁行使封驳权会极大的破坏皇帝和内阁的关系，阁臣是不敢轻易使用的，而且一般情况上，皇帝作出决定之前，还是会和内阁充分商量的，内阁一般在这个阶段通过面陈和密疏等形式向皇帝阐述自己的意见。
所以封驳权看起来是没有什么大用的，但是这次朱载坖在御批中明确的将替否也就是封驳的权力给了首辅申时行，也就是说首辅将负责对于皇帝的决定进行实质审查，这点是极为重要的，朱载坖将这些权力赋予首辅，第一就是加强首辅的权力，明确首辅百僚之长的权力，另外一个事情就是赋予内阁首辅对抗司礼监的责任。
在嘉靖和朱载坖的时代，司礼监是毫无存在感的，因为他们父子两人对于太监的约束都是很强的，尽管有批红，甚至在朱载坖有时候不方便时司礼监会负责向朱载坖读奏疏，由朱载坖口授之后代批，但是总体上的权力都牢牢的掌握在皇帝手中，对于太监的权力控制的是很强的，但是朱载坖也必须承认，一旦皇帝出现怠政的情况，司礼监就很容易窃据政权，所以朱载坖要明确赋予内阁首辅对于上谕、批红等的实质审查权力，使得内阁能够能够对于司礼监形成制约，防止出现权宦的情况。
太子将朱载坖的御批送达文渊阁之后，申时行领命说道：“陛下圣明，臣等不胜感戴之至！”
朱载坖很显然是看懂了申时行的意图，一方面同意了内阁的分票决议，另一方面又将封驳大权授予申时行，加重首辅的权力，这点是极为重要的，在朱载坖的平衡之下，内阁就形成的新的平衡。
同时对于朝廷各部院予以调整，之前原学部尚书王世贞卒于任上，朱载坖赠太子少师兼太子少保，予谥端简，同时以蔡国熙任学部尚书，任命原右副都御史，巡抚山东李戴威户部左侍郎提督度支总署，任命原左副都御史蔡国珍为户
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