，而大明在征战的时候，也可以从卫拉特四部抽调兵力，但是要比照官军士卒给予军饷，同时对于卫拉特士卒所获取的军功，大明也要予以赏赐，卫拉特四部为大明守卫西北边陲，同时大明通过赏赐、通贡贸易等方式对于卫拉特四部加以接济。
总的来说，这份条约对于大明来说也算是有利，同时也使得卫拉特四部有了合法的住牧地，至于伊犁河谷，那是朝廷重点屯垦的地方，自然是不能给蒙古人的，但是大明可以在粮食上对于卫拉特部予以接济，同时在土默特部、大明和和硕特部已经格鲁派活佛的见证下，还签署了一份密约。
密约的主要内容就是和硕特部向大明输诚，换取大明支持和硕特部成为卫拉特部的首领，大明扶持和硕特部成为卫拉特部首领，承认和硕特部对于卫拉特四部的领导，同时和硕特部首领的子弟送大明国子监学习，等到成年之后再回到部落中去，大明在科布多也要开办学堂，教授蒙古人汉语、汉字等。
在达成了这些协议之后，和硕特部代表卫拉特四部向大明上九百之贡，以示臣服，同时朝廷也谕令李成梁放准噶尔残部离开，不再予以追击，之前被服的准噶尔首领，解送京师，予以正法，朱载坖明发上谕，承认和硕特部为卫拉特四部首领，同时选定科布多办事大臣，设立科布多五卫，在科布多等地修筑城池，屯垦戍卫，同时将部分迁移到西北的女真人也安置到这里，加强朝廷对于西北的控制。
至此，西域北路已经抵定，接下来就是南路的问题，叶尔羌汗国毕竟是个国家，所以必须予以消灭才行，根据参谋军务总署的命令，李成梁统帅西域北路的朝廷骑兵兵团南下，自伊宁南下，取道昭苏，直取阿克苏，断绝叶尔羌大军归路，同时动员西域各卫所官军参战，从北、东、东北三个方向包夹叶尔羌汗国，李成梁兵团和戚金兵团是官军主力，主要负责控制阿克苏、库车、喀什等地，而董一元所率领的官军偏师，则是主要负责控制和田等地，在歼灭叶尔羌汗国主力之后，官军各兵团可以适当分兵，控制各地。
为了加强对于西域的控制和朝廷日后控制西域的稳定，朱载坖给各兵团统帅
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