严嵩的目的是将此事交兵部，加以缓冲，因为严嵩自己不是擅长军务的人，而且朱纨是夏言所举荐的人，所以严嵩自然是不可能来保他的，严阁老没有落井下石已经算是够意思了。但是严嵩漏算了一点，就是当时兵部的堂官，尚书翁万达和侍郎詹荣都是闽粤人，他们自然对于朱纨不可能有什么好印象了。
当然也有可能是严阁老知道翁万达等人就是要搞朱纨，严阁老只不过是借刀杀人，敲打一下朱纨，但是没有想到翁万达等人将此事做的这么绝。
所以在兵部会同三法司看议之后，向朝廷复奏道：“切照国家制律，一应狱囚，鞫问明白，审录无冤，犹必转详，待报而后处决者慎刑之。所斩贼首李光头等并交通内应贼犯九十六名是否俱在夷船拒敌？曾否驾使双桅大船流劫边海，勾引外夷等项，应否斩首示众？处斩之时果否在于军前？如已擒获日久，因何不行奏请？贼擒于二月，奏发于三月，似非临阵者比，宜俟得旨行刑。”
兵部对于此事的结论，对于此事来说是盖棺定论的事情，兵部的这个结论以上，朱纨的擅杀之罪显然是成立了，朝廷不可能不追究此事的，于是严嵩拟票：“差兵科给事中杜汝桢与会同巡按御史陈九德从实查勘具奏。”
而世宗皇帝的朱批是：“朱纨不待奏请，辄便行杀，革了职听勘；卢镗、柯乔等差去官提了宪问。”
即便到了这个时候，不管是严嵩还是世宗皇帝，也没有对朱纨动杀心，这点是很清楚的，嘉靖生气的原因其实在朱批中已经是很说的很清楚的，嘉靖气恼的就是朱纨不待奏请，辄便行杀，杀人这么大的事情，都不向朝廷奏报了，你朱纨狂的没边了，不收拾一下怎么说的过去？
所以嘉靖其实已经为此事划了界限了，按照杀人的决策是朱纨做的，此事要处分，也是首先处分朱纨才是，但是嘉靖的处分是将朱纨罢官，卢镗、柯乔交科道行勘，轻重高下其实已经是很清楚了。即便是最后坐实此事，对于朱纨也不会处分的太重的，但是朱纨自杀，将此事搞得极为被动。
朱载坖在了解了此事的经过之后，问道：“诸位怎么看此事啊？”
现在要为朱纨昭雪，但是实际上是有
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