朱载坖问道：“当年此案，如何了结的？”
劳堪向朱载坖详细汇报了此案的了结过程，经过科道的行勘，认为朱纨身负大罪，反上疏告捷。而卢镗、柯乔与朱纨相佐，应以首犯论处，其他官员如通判翁灿、指挥李希贤等罪次之，指挥佥事汪有临、知府卢璧、参将汪大受又次之；拒捕顽抗的葡萄牙人方叔摆等四人当处死，其余佛南波二者等51名当安置；见存通番奸徒当如律发配发遣。兵部三法司根据杜汝桢等人的调查进行复审，判处朱纨、卢镗、柯乔有罪，翁灿等人下巡按御史审问，汪有临等人分别予以罚俸等惩处。
但是由于朱纨已死，实际上在朱纨死后，没有继续追究，申时行等人出班奏道：“陛下，朱纨自戕，使忠良扼腕，天下叹息，中外皆摇手不敢言禁事，伏祈陛下大振乾纲，裁自宸衷，厚加褒扬，严究幕后主使，以慰忠臣之心也！”
申时行的话基本代表了整个东南士绅的看法，就是通过为朱纨昭雪，厚加赠谥，来达到对于朱纨的褒扬，同时既然朝廷要褒扬朱纨，自然是要对于当年陷害朱纨的这些人加以严惩，这点是肯定的，林希元肯定是不用说的，还有詹荣、陈九德、翁万达等人，都在当年陷害朱纨的过程中出了力的，这些人都是闽粤的世家豪强，自然是东南士绅们严厉打击的对象，正好可以借机收拾一下闽粤集团。
而朱载坖则是要借机整顿闽粤走私和地方宗族势力，加强朝廷对于闽粤的控制，从某种意义上来说，朱载坖这次和东南士绅们的目的是一致的，都是要整顿闽粤，但是具体怎么做的问题上，朱载坖还是有自己的想法的。
朱载坖于是说道：“林希元通番一事，现既审明，送法司依律惩处，朱纨为国执法，深可悯恻，令礼部详议身后恤典，报与朕知，至于其余诸人，都察院详查之后，再拟来处断。”
对于现在这种情况，朱载坖还是作出了自己的决断，对于此案的祸首林希元及其家族，自然是不能放过的，要予以严惩，这是为了警示这些闽粤的地方势力，不要天高皇帝远，朝廷就把你没有办法，想要倚仗自己的家族势力和朝廷作对，就要做好抄家灭族的准备。
对于朱
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