当然，在朱载坖向太子逐步移交军事权力，使得太子能够了解并且逐步控制官军，加强在军事上的权力，而朝廷的京察大计也在推动之中，这次对于首辅申时行来说，显得尤为吃力，以往人们往往认为，申时行就是整个东南士绅或者说是东南集团的代理人，申时行在东南出身的官员中有极为崇高的威望。
但是现在看来，申时行在这些东南士绅之中并没有那么高的威望，申时行作为首辅，又是常年在朱载坖父子身边的人，结合朱载坖最近的一系列举动，申时行很清楚朱载坖是准备逐步放权给太子了，连军务这样之前从不让太子插手的事情，现在都是逐步让太子接手了，说明这次朱载坖在准备权力交接的事情了。
但是朝廷上的官员们不是这么想的，他们认为这是一个很好的机会，往往在京察之中，确实是党同伐异的大好机会，各派政治势力都是极为积极的，尽管申时行希望让这些官员们冷静一点，不要在这次的大计中搞事情，否则话的朱载坖是绝对不会放过他们的，但是现在申时行对于整个东南出身的官员掌控能力已经大为下降。
尤其是浙江出身的官员，他们对于申时行早就不太信任的，主要是因为沈一贯的事情，沈一贯和沈鲤之间矛盾很深，这点是朝野共知的，两人在翰林院的时候就不太对付，后来的矛盾更是极深，而两人一起入阁之后，之前是以沈鲤督师南京，尚且能够相处。
之前朱载坖要调沈鲤回京师，怎么处理他和沈一贯之间的关系就是一个极为重要的事情，经过申时行的建议，将沈一贯调去修书，然后将沈鲤调回京师，这样一来，看似解决了这个问题，实则对于沈一贯来说是无法接受的，监修国史虽然是清贵职务，但是对于阁臣来说，监修国史就等于被逐出了内阁的决策之外，成为了有名无实的阁臣了，沈一贯又不是陈于陛，和皇室有极为深厚的关系，能够被朱载坖记住。
这一监修国史，内阁自然是当沈一贯不存在了，这就使得沈一贯极为不满了，沈一贯可不是一般人，他是现在朝廷中浙江官员的领头羊，在这件事情上，沈一贯认为自己被申时行给骗了，原本申时行确实是答应沈
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