代对诸子百家经典的禁绝焚毁和秦末汉初的残酷战争，许多儒家经典都失传了。所以汉初就把经历过战国末期的老儒集中起来，让他们将记忆中的儒家经典背诵出来，旁人抄录，当时人抄录的字体用的是当时流行的字体（隶书），所以被称为今文经学；再就是发掘出先前被隐藏起来的儒家经典，发现藏书最多的地方有两处：一个是在曲阜的孔子旧宅。另一个是河间王献处。这些陆续被发现的战国时代的儒家经典字体都是用秦统一前的篆书抄写的，因此也被称为古文经学。
这两种经学之间的论战冲突持续了数千年，而他们之间的冲突最激烈的时期就是两汉。大体来说，今文经学视孔子为“素王”——即有帝王之德而未居帝王之位之人，儒家经典为真理的来源。今文学家们喜欢通经致用，从章句推演，结合春秋战国时期的阴阳五行和刑名学说来发挥微言大义，主张君权神授、大一统、三纲五常的思想。可以将其认为是伊朗的大阿亚图拉的古代中国版，区别无非是大阿亚图拉掌握着古兰经的解释权；汉代的今文经学家们拿着儒家经典解释权。而古文经学则认为孔子只是儒家学说的先师，视儒家经典为古代历史资料，也没有将其视为神圣不可侵犯的高度，更不喜欢把阴阳五行和刑名学说掺和儒家经典搞微言大义。
显然，对于汉帝国的统治者们来说，今文经学要更合乎他们的口味一些。事实也正是如此，从汉武帝独尊儒术开始，今文经学派就主导着帝国意识形态，直到西汉末年，随着社会矛盾愈发激化，今文尚书那一套根本解释不了社会现实，古文经学派才渐渐翻过势头来。加上后来王莽为了篡夺汉朝，大力抬高古文经学的地位，并依照古文经学中的讲述施政（废除奴婢，债务，重新分配土地等等）。
东汉帝国建立之后，取消了王莽设立的古文经学博士，复立今文经学博士，重新树立了今文经学的统治地位。但古文经学还是在民间广泛流传，有相当大的影响力。这对于东汉帝国来说是一个极大的隐患，帝国的反抗者很可能会拿起古文经学这一思想武器，动员力量发动叛乱。而马融、郑玄这对师徒
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