巨头纷纷退出技术联盟，这也让技术联盟开始走下坡路，不断衰弱。
因此在大工头沃特-坦伯的带领下，技术联盟决定豪赌一把，他们加入了分离主义，成为独立星系邦联的一员。
沃特-坦伯同样打算效仿贸易联盟，在独立星系邦联和银河共和国之间两头下注，两边赚钱，但是他们怎么可能跟贸易联盟相比？贸易联盟一句话，银河共和国连在外环星区征税都做不到，技术联盟说句话能顶什么？
因此克隆人战争一爆发，银河共和国虽然没有撕破脸直接进攻斯卡科星球，但那主要还是因为斯卡科星球防御非常坚固，在大共和国军刚刚建立的时候强行进攻得不偿失。不过，银河共和国依然冻结了技术联盟在自己控制区域的所有资产，关闭了他们的工厂，勒令加盟技术联盟的企业退出联盟。
所以在战争初期，技术联盟对银河共和国是恨之入骨，在战争当中出力巨大。而他们也是继黎明星球之后，第二个消灭了银河共和国整个军团的势力——他们攻陷赖洛斯星球，摧毁了共和国第14军。
但是随着战争的推进，黎明星球开始为独立星系邦联提供了越来越多的技术支持和工业支持，因此黎明星球除了体量不足之外，其他为独立星系邦联提供的服务其实是和技术联盟重合的。
而且黎明星球那边，无论是战舰还是战斗机，其性能都远远超过技术联盟自己能够提供的。再加上自从夸特动力船坞和科雷利亚工程公司退出之后，技术联盟自己设计制造大型主力舰的能力大打折扣。
所以在独立星系邦联军中，技术联盟的优势越来越小，许多订单都交给了黎明星球。
在后来独立星系邦联的海军改革之后更是如此，新一代独立星系邦联海军几乎一半的战舰型号都是黎明星球提供的。
技术联盟不是没做过努力，他们推出了自己的主力舰设计——堡垒级战列巡洋舰（Bulwark-classbattleship）。不过这种战舰推出时间太迟，虽然杜库伯爵出于想要制衡黎明星球的想法，也给出了大量订单，但是最终完成建造的堡垒级数量却并不多。
感受到地位受到威胁的技术联盟，
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