顾横看到这里，想了想，还是决定参照清朝时对台湾的管理。提笔回信告诉堵胤锡，文官系统由道员、知府、知县组成。台湾道是最高行政长官（正四品），知府为二等行政长官（从四品），下设同知、通判、经历等官员，负责行政、司法、财政等事务。
并且顾横告诉堵胤锡，武官系统仍按新军制度，分为军长、师长、旅长、团长、营长、连长、排长等。
这次堵胤锡和施琅收复台湾有功，顾横与洪承畴商议一番后，决定提拔堵胤锡为海军军长，也是台湾最高军事长官，施琅也由原先的旅长升为师长。
另外顾横让堵胤锡迅速扩充海军，琼州府那边要继续留有一个师的海军，海军师长人选由堵胤锡确定，确定后告知顾横即可。
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对于堵胤锡率部进入台湾后，严以治军，下令不许骚扰高山民族，不许侵占高山民族的耕地。还大力提倡教育，在高山族居住区设乡塾，送子女入学者可减免赋税和徭役这一点，顾横表示了赞赏。
而堵胤锡说的积极推行屯垦制度，寓兵于农，以解决缺粮问题。堵胤锡打算在台湾大力推行屯田。这寓兵于农，使几年以后军队不但可以自给自足，而且还有余粮上缴给朝廷。
其次堵胤锡建议鼓励中原沿海居民到台湾从事开垦。帮助高山族提高生产技术。而顾横和洪承畴看到这里后，觉得四川和湖广一带的流民又有了新的去向！
于是没多久，一批又一批的流民都被送到了台湾岛上，当然这些流民对于顾横是非常感激的，毕竟之前都没有土地，四处流浪，现在在台湾有不少肥沃的土地，瞬间只要勤奋努力，填饱肚子再也不是问题。
而顾炎武的来信，则让顾横相信让顾炎武干商业，果然是对的！
顾炎武利用台湾四面环海，对外贸易方便的有利条件，大力发展海外贸易。他如今经常派遣商船到东南亚各国进行贸易，郑氏家族的海上贸易已经远远不如“道天”商行。
另外顾炎武继续和日本、暹罗、越南、菲律宾、柬埔寨等国家通商，把台湾的土特产，如鹿皮、鹿脯、樟脑、硫磺、蔗糖等外销国外，换回所需要的刀剑、盔甲
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