1616年，第二代幕府将军采取禁止传教措施，农民不得信奉天主教，东瀛通商只能在长崎和平户两地，大明船只可以通商。
1623年，禁止葡萄牙商船进入东瀛；
1633年至1639年，德川幕府连续颁布五道“锁国令”：
第一、禁止日本船出海贸易和日本人与海外往来，偷渡者要处以死刑；
第二、取缔天主教的传教活动，对潜入日本的传教士应该予以告发和逮捕，以防止天主教在东瀛的蔓延；
第三、对驶抵东瀛的外国船只实行严密的监视，贸易活动也由幕府进行严格的管制。
也就是说清朝建立前，东瀛已经开始了锁国政策，倭寇的根源被断绝了。
直到德川幕府倒台一直执行锁国政策，明治维新改变了这一切。
清朝入关后，为了对付台湾郑经等，实行了禁海政策。
顺治和康熙帝时期，清朝和荷兰、法国、英国、葡萄牙、东瀛等都建立了贡市贸易，1685年废除海禁后，贸易逐渐发展起来了，而且清朝一直处于贸易得利的一方。
雍正元年，雍正帝禁止外国传教士在中国传教，并限制了贸易。
1757年，乾隆皇帝开始只有广州一口通商的时代，厦门、宁波等地被禁止通商。
也就是说，东瀛开始锁国后，清朝也开始了锁国政策。
清朝面对的问题主要是传教和贸易，和东瀛一样，都是害怕传教和先进的技术会导致统治权的丧失，算是不谋而合吧。
而郑成功在清朝初年对倭寇的限制应该是非常重要的。
郑成功的军费主要来源就是沿海的贸易收入，为了达到收取贸易费用，郑家军击败了荷兰的军队，剿灭了东南沿海的海盗势力，保护沿海贸易，从而收取贸易船只的费用，大船2500两，中船、小船梯级收费。
所以，以前残存的倭寇基本被肃清了。
而如今，郑成功早就投靠新大明，成为海军第二军的军长，自然，打击外来军队，剿灭沿海海盗，保护海上贸易等事务由他们第二军负责。
而施琅的海军第一军则负责护卫“道天”商行去世界各地经商，宣扬新大明国威。同时勘察哪些地方需要新军长期驻扎在那里，护送新
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