吕留良逝后，“远近之士闻者莫不震悼失图，以为斯道之不幸”。八月十七日，何商隐来吊，泣道：“二十载交情毕矣。伤心！伤心！”陈执斋、陆稼书为文祭奠，黄宗炎作诗哭之，查慎行亦有《挽吕晚村徵君》诗。十一月二十九日，吕留良葬于识村祖茔。
然而，命运即便在他死后，也不曾放过他和他的家人。
吕留良夫人姓范，有子七人：公忠（葆中）、主忠、宝忠、诲忠、补忠、纳忠、止忠（毅中）。
吕留良去世后，其弟子及曾静等人崇奉留良其说、为其广播，后曾静策动川陕总督岳钟琪反叛，被告发下狱，牵连吕的两个学生。吕留良亦被剖棺戮尸，著作则被焚毁。
雍正十二年，吕留良后人60余口，长途跋涉，历尽艰难，从江南水乡发遣到北疆。
吕留良后人到宁古塔后，拨给宁古塔将军都赉部下驻防旗人为奴。
按着清代法律，对于“谋反大逆”为奴的人身控制，远比一般奴仆为严。
即使已经过了好几代，仍然不许改变身份，不许“出户为民”。吕留良系“大逆重犯”，所以世代被置于“奴籍”的深渊之下，饱受人间的屈辱。
乾隆元年九月甲辰，上谕有曰：“著各该将军等查明现在为奴人犯内，有曾为职官及举，贡、生、监出身者，一概免其为奴，即于戍所，另编入该旗、该营，令其出户当差。”
但命运似乎在此时给不幸的吕家开了一扇窗！
吕氏诸人系反叛重犯的子孙，本不属免放之例。
但由于清政府户部官员办理错误，按轻罪有职人员处理，吕留良后人得以免除奴籍开户。
原经发遣宁古塔的吕姓共12户，男妇大小及家人仆妇等111名，俱分编入旗。
吕留良孙辈吕懿兼、曾孙吕念先等于乾隆二年得旨随旗当差以后，遂各自谋生。
吕懿兼学医，吕念先做医药生意，后开春雨堂药铺，兼经营米盐。
吕敷先早年读书，稍长则在永泰号学习生意，后据有其铺，兑换赫哲弗雅哈等处貂狐皮张，又在宁古塔旗人中间放高利贷；后又在东京城开烧锅一座。
吕衡先学习面铺生意，兼做官参牙行，换赫哲弗雅哈貂皮，及向领票刨参之人放高
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