伽休莱因被消灭后，藤树返回凤凰巢基地。
与希卡利商讨了一下有关阿古茹和盖亚的事情。
如今藤宫和我梦之间的默契不够，想要在短时间内实现融合变身，只能借助外力。
藤树想着能不能让希卡利开发出一款帮助他们变身的道具，毕竟希卡利对大地之光和海洋之光都有一定研究。
希卡利表示可以尝试一下，但最后接下这个任务的，是雾崎。
雾崎想要借着这个机会积累对光芒的研究经验，如果能够成功开发出融合盖亚与阿古茹的道具，接下来开发让自己变强的道具也能更加得心应手。
盖亚宇宙那边。
克里西斯的消亡被根源性破灭招来体察觉到。
虽然不知道地球上具体发生了什么，但他们也意识到了一丝不对。
向地球派出美扎德进行探查，搜集地球上的情报。
虽然被阿古茹和盖亚联手消灭，不过也得知了盖亚与阿古茹并肩作战甚至已经变得更强的消息。
同时，自然控制机器天界也在此时苏醒，准备净化大气，并清扫地表上的一切。
最终被XIG控制住，并在藤宫的建议下收容起来，如果对其加以改造，调小功率，说不定能变成一个单纯净化空气的机器。
不过，这种早已隐藏在地球内部，并用来净化大气的机器究竟是谁研究出来的，成了一个谜。
根源性破灭招来体方面。
他们原本的计划是让两位奥特曼内斗，一方面牵制地球的战力，另一方面是为了借助两个奥特曼战斗时产生的能量制造虫洞，从而向地球派出强大的兵力。
如今两位奥特曼提前消除隔阂，不会再发生内斗的情况让他们深感可惜。
不过，由于宇宙间的融合现象导致空间变得脆弱，根源性破灭招来体不需要借助奥特曼的能量就已经能制造足够范围的虫洞。
面对联手的盖亚与阿古茹，根源性破灭招来体准备让他们见识一下什么叫做真正的侵略。
接下来，根源性破灭招来体会对地球发起更大规模的进攻。
彻底将地球上的所有文明抹除。
......
梦比优斯宇宙这边。
地球外。
漆黑的宇宙中。
一艘特制的宽大宇宙飞船已经来到太阳系内
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