恩里克四世的贵族又抬出了伊莎贝尔公主来继续与之对抗。最后双方终于达成和议，停止内战，全体贵族都必须宣誓效忠恩里克四世，伊莎贝尔公主则成为王位继承人，但规定她的婚事必须得到王兄的批准。
十分有心计的伊莎贝尔公主派亲信侍从到各国去私访年轻王子。反馈回来的结论是，阿拉贡王子斐迪南品貌出众、英勇善战。伊莎贝尔便与斐迪南通信往来，最后终于私定终身。但恩里克四世却要把她嫁给葡萄牙鳏居的国王阿丰索五世，企图把伊莎贝尔抓起来。于是，1469年，伊莎贝尔迅速同斐迪南王子订婚，然后借助阿拉贡的军队武力反抗王兄的干涉。这段看来像戏剧的风流韵事，最终成全了西班牙作为一个国家的统一。
恩里克四世以伊莎贝尔不遵守协议为由，剥夺了她的继承权，改立他自己的女儿胡安娜，但由于恩里克有性无能之名，多数贵族均认为胡安娜的血统存在疑问。1474年，恩里克死，伊莎贝尔和胡安娜均宣布自己继位，她们分别借助夫家阿拉贡和葡萄牙的力量，得到国内一部分贵族的支持。经过4年战争，葡萄牙军队被击败，伊莎贝尔终于坐稳了王位。1479年，斐迪南也继承了阿拉贡王位，两国王室联姻形成统一王权，成为欧洲最早的集权共主联邦。(但两国仍然维持各自独立的议会、法律和税制)。
伊莎贝尔由患有精神病的王后所生，而她的女儿中也有“疯女“胡安娜，但她本人却思维敏捷，意志坚强。她与斐迪南共为国王，是强强联合的典型。国内的反对派贵族大多已在内战中被清除，这使伊莎贝尔可以顺利地加强中央集权。她将市长委任权收归国王所有，设立神圣兄弟会武装控制市政生活，使议会行同虚设，摧毁贵族的城堡，没收贵族在恩里克四世时代所得的王室领地等，并以对格林纳达用兵为由，维持了一支强大的常备军。西班牙的王权达到前所未有的程度。
西班牙的11世纪以来的历史就是基督教王公不断向伊斯兰小王国夺取地盘的历史，史称“再征服运动“，到了伊莎贝尔时代，穆斯林在西班牙只剩下最南端的最后据点-格拉纳达王国
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