6日唯一的内阁阁臣叶向高上书万历皇帝，告知万历皇帝，福建百姓家家户户愤怒无比，大街上张贴着要求杀死高寀的标语，如果不罢免高寀，更大的流血冲突将会出现。如果这时与倭寇相通，东南必将大乱。
这时，万历派往福建的亲信太监也回来禀报，为高寀说情，将错误全都推到了袁一骥等正直官员的身上。而这时，朝廷内的一些官员也有所动摇。
阁臣叶向高这时挺身而出据理力争，敦请撤换高寀。第二天，叶向高再次上疏要求罢免高寀。并说，云南的杨荣、湖广的陈奉等税使虽然贪婪，但从来没有敢劫持巡抚重臣的。可见，高寀平日对百姓多么横行霸道。如果不撤换他，那福建必定危险。昨天中午他又收到两广总督张鸣冈的揭发信，上面所言令人发指。
与此同时，后任内阁大学士北京人方从哲、给事中姚永济、郭尚宾等人继续上疏弹劾。万历皇帝只是批示“高寀事知道了”，想不了了之。
7月3日叶向高第三次上疏，继续弹劾高寀。7月31日叶向高第四次上疏。万历没有办法只得要求高寀回京。
然而高寀却以各种理由拖延，福州府官员为此驱逐。他10月9日才启程，但由于东西太多，以每天三十里的速度回到京城。到北京后，仍然飞扬跋扈。
不过，由于高寀临走也要捞一笔的爱好，导致广东民众没有实现暴动的机会。因为，福建民众终于忍无可忍，聚起反抗；连福建官员也忍不下去了，一起弹劾高寀。朱翊钧难得相信一次地方官员，把高寀召回北京。然后呢？史书记载，高寀“不知所终”。什么意思？世人也不清楚，想来应该已经消亡于世的，尸骨无存。