好友顾贞观、徐乾学、吴梅村等人都来为他送行。吴梅村还作了一首长诗《悲歌赠吴季子》送他上路。然而这一去就是20多年，其间吴兆骞诗兴大发，写了许多悲愤慷慨的诗歌和感人泪下的书信，后来编成了《归来草堂尺牍》和《秋笳集》，流行于士林。
为防止考生作弊和官方腐败，保证科考的公平与公正，清政府对考生作弊处罚很严厉。一旦发现，按照《大清律例》，作弊者要被枷号（在街头带枷示众）三个月，然后发烟瘴（边疆）地区充军。而顺治帝对“南北闱”案的严酷处理，显然含有严厉警告汉族士人尤其是江南士子的用意，由此开了清代严惩科考作弊的先例，受贿考官处死，竟成为法律。
顺治帝对科场案的严酷处理，使人想到当下日益升温的国家公务员考试，想到考场作弊之风的愈演愈烈。但对它的处罚无非是“考试成绩无效、取消录用、五年内不得报考公务员”，再重的不过“终身不得报考公务员”而已，他们和大清朝的莘莘学子们相比真算幸运之至了。