蒋介石不得不于1949年1月被迫下野。
1949年4月，南京解放，蒋介石溃逃至台湾，他邀请孙科一同去台湾，但却被孙科拒绝了。这又是为何呢？
原来，孙科认为蒋介石是个眦眦必报的人，自己有曾多次反蒋，如果去往台湾必然会遭到报复。可是，此时的孙科又能去往哪里呢？
尽管孙科扳倒了蒋介石，但他却不被桂系看重，受到了桂系的排挤。不得已的情况之下，孙科只能前往香港。
在香港居住期间，每天都有国民党人前来拜访，其目的多数是为了要钱。乐善好施的他不好拒绝，结果很快就陷入了拮据的生活。为了图得清净，孙科携夫人去了美国。
但到了美国的孙科，日子依旧过得清苦，房屋破旧不堪，为节省开支，他学会了自己种菜，所有的事物都必须自己处理。或许谁都不会想到，一个国父的儿子竟落得如此下场。或许，此时的他最想回到的还是中国吧。
1965年，孙科再一次接到了蒋介石的邀请，这一次孙科没有拒绝，回到了台湾。孙科此时想的也许就是安稳，已经没有任何资本再折腾了。
当两人相见之时，都已经是白发苍苍的老人了。两人相见，“相逢一笑泯恩仇”。
随后孙科于1965年任台湾当局领导人办公室高级咨议、“考试院长”，1973年9月13日病逝于台北，享年82岁。