巢南京。这中间，他凭着五万疲惫之师阻挡了太平军六十余万援军长达四十六天的反复攻杀，并且为了独占打下南京这“天下第一功”，他连续拒绝曾国藩和朝廷派来的援军，仍以长围久困、掘地道入城的铁桶战法，历时二年半之久于1864年攻克南京。
南京城破，“天下第一功”固然是到手了。然而，老九却并没有享受到他应得的回报，不仅朝廷食言，没有兑现咸丰帝生前许下的“攻下南京者王”的诺言，只给了老九一个威毅伯，更为沮丧的是，老九把太平天国的金库都搬回湖南老家了的传言瞬间满天飞。
清廷在嘉奖老九的同时，也在查究太平天国财产的去向，还专门派人来南京。
因为，就在攻下南京的消息传开之时，一股小道消息也随之而传开了。这消息便是天京（即南京）城内“金银如海，百货充盈”，南京城里有一座太平军的金库。
曾国藩、曾国荃兄弟亦曾对此深信不疑，因此在破城之前，也考虑到了如何处理“贼赃”的问题。曾国藩指示老九，“城破之日，查封贼库，所得财物，多则进奉户部，少则留充军饷，酌济难民”。
但是万万没想到，“克复老巢而全无财货，实出微臣意计之外，亦为从来罕闻之事”。正如曾氏兄弟不敢相信眼前的现实一样，朝廷对曾国藩所说的并无传说中所谓的金库一说也不相信。
但是，对南京城里的金银财货的下落，朝廷自始也没有查出一个所以然来。此事最后是不了了之。官方虽然不追究了，民间对于这个问题倒没有停止关注，曾氏兄弟陷入了扯不清的是非漩涡。
民国８年（1919）７月由上海大东书局石印出版的《南亭笔记》中提出：
曾忠襄为文正公介弟，攻金陵既破，搜遗敌，入天王府。见殿上悬圆灯四，大于五石瓠。黑柱内撑如儿臂，而以红纱饰其外。某提督在旁诧曰：“此元时宝物也！”盖以风磨铜鼓铸而成，后遂为忠襄所得……闻忠襄于此中，获资数千万。盖无论何处，皆窖藏所在也。除报效若干外，其馀悉辇于家。
忠襄既破南京，于天王府获东珠一挂，大如指顶，圆若弹丸，数之得百余颗，诚稀世之
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