熙设立“粤海关”之前，就已经有十三行的存在。这一说法，得到了著名史学家吴晗的赞同。并且，吴晗根据《啸亭杂录》的记载，两广总督吴兴祚“奏通商舶，立十三行”，进一步推论“十三行之立，当为康熙二一至二四年(1682—1685年)四年间事。”
十三行的出现，是清帝国解除海禁的直接产物。1684年，31岁的康熙皇帝表示：“先因海寇，故海禁未开。为是今海寇既已投诚，更何所待。”于是，实施了28年的海禁被废除，并在次年设立了闽粤江浙4个海关，其中尤以广州海关最大。
值得注意的是，尽管大多数的外商都将海关当作中华帝国的政府部门，但实际上，4个海关却实行的是双重领导：名义上是国家财政部(“户部”)的派出机构，实际上的领导权，却在皇帝的私人机构“内务府”手上。
所有海关和大多数“常关”(设在陆路上的关税机构)，其掌门人均是内务府出身。执掌海关的“关差”，是与管理盐、漕、河同样最有油水的肥缺。海关关长(“海关监督”)的人选，形式上由各部门保举，“请旨简用”，实际上是皇帝直接任命，即便其级别不足以与地方督抚平级，其实际地位却毫不逊色。主管干部的吏部、主管财政的户部及海关所在的地方督抚，在正常情况下，都难以干预海关的人选及工作。“海关监督”一身二任，行政职务是户部的分司，任满即止，而本职则依然是内务府官员，任满后依然回到内务府，或在内务府掌控的其他机构中调任升迁。
皇帝越过政府而直接干预海关人选，严密控制海关，首先是政治上的需要：毕竟海关除了收取关税之外，在经济上还要承担外贸管理之职责，在外交上更要承担“怀柔远人”之使命，这些都关系到政权的维稳大局。其次，海关也是办理“皇差”的主要平台——这些皇差，大多数都没有、或者不便于纳入财政的计划内资金，而需要由海关悄悄地办理，海关因此成为皇帝的最大小金库之一。
正是在这样的制度设计下，海关的收入主要分成了两大块：一是应该缴纳给户部的关税，这部分实行定额制，而且
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