二度来袭、日军临阵败退的消息很快传至京都，朝野上下再次陷入慌乱境地，一时间人心惶惶，京都官民疯狂储备粮食，以致无米可买。
日本后宇多天皇得到消息后在神宫整整祈祷七天七夜，龟山上皇则派人到伊势神宫许愿“愿意殉身以代国难”。
幕府执权北条时宗得知战况的时间稍晚，他问计于南宋赴日僧人祖元大师，祖元要求他“血书大经”，北条时宗立即刺破手指以血写经祈祷。这种行为对于战争的进展表面上看没有关系，却能最大限度地凝聚本国民心。这大概就是宗教的厉害之处。
另一方面，面对元军的继续推进，日军也加紧了防守部署。参加过上一次抗蒙战争的藤原经资依然任九州地区战事总指挥，他动员了约四万武士守卫沿海石垒阵地，甚至连其老父都披甲参战。此外，四国等地的武士约六万人也被紧急动员，以作为后续兵力补充前线。
显然，元军二次东征所面对的抵抗要超过第一次。
东路军在首战告捷之后，按照早先的部署，应于此地等候南路军会师。
洪荼丘、忻都等将领，有抢功突进的冲动。并且他们从捉到的日本岛民口中得知，日本已于太宰府西部六十里处进行战备布置。东路军立即将这一情报向位于高丽合浦的“征收日本行中书省”做了汇报，认为无军应该乘日军布置未备之时乘胜进击。日本行省很可能默认了这一计划。
东路军没有再等待江南军的到来，而是先绕过对马和壹岐，于6月6日南下进攻博多湾。
由于镰仓幕府早在首次遭受蒙古来袭之后，就在博多沿岸构筑了石堤等防御工事，而且有四万日本武士严加守卫，元军很难找到合适的登陆地点，于是转而进军守备相对薄弱的志贺岛。
志贺岛地形狭窄，使得元朝大军团难以发挥优势，反而使得日本武士单兵作战习惯的优势得以发挥。元军在志贺这个小岛没有取得任何实质性进展。
当天夜里，日军借助夜色对停泊在志贺岛沿海的元军船只发起袭扰，且偷袭成功，焚船而逃。
元军自此加强了戒备。
日方的偷袭不但不能奏效，反而导致本国武士死伤惨重，随即下令停止夜袭。
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