之北京及周围地区人民反抗连连，多尔衮不得不收回成命。所以，清军入据北京后好长时间内，明朝旧官变成清朝官员，仍旧身穿明服，冠裳不改。但是，当北京的摄政王多尔衮得知南京已定，又有汉臣孙之獬紧劝，即改变初衷，让礼部在全国范围内下达“剃发令”。
“剃发令”一下子触发了汉人的民族情愫。“原来对砍头都驯服得像一群羔羊，忽然间只因为要剃掉他头上一部分头发而怒吼如虎。”(柏杨《中国人史纲》)恶法逼人，本来渐趋平静的江南地区，顿时如水入沸油般四处暴散起反抗的怒潮。
1645年6月28日，清廷再次传谕：“近者一月，远者三月，各取剃发归顺。”剃发成了绝对命令。如此野蛮的“留发不留头”，引发了江南汉族人民的强烈反抗。从苏州开始，抗争怒潮波延而起，常熟、太仓、嘉定、昆山、江阴、嘉兴、松江，处处义旗，人人思愤。清廷江南前线的总指挥豫亲王多铎实行大肆镇压，江南胜地，顿时血流成河。
据史载，在常熟，奋起抵抗的市民被清军屠杀，“通衢小巷，桥畔河干，败屋眢井，皆积尸累累，通记不下五千余人，而男女之被掳去者不计焉”。七月初六，清军攻陷不肯剃发的昆山，屠城三日，“总计城中人被屠戮者十之四，沉河堕井投缳者十之二，被俘者十之二，以逸者十之一，藏匿幸免者十之一”。
顺治二年，清军在嘉定三次屠城，清兵“家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅”，“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”。清兵“悉从屋上奔驰，通行无阻。城内难民因街上砖石阻塞，不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流”。若见年轻美色女子，遂“日昼街坊当众奸淫”，有不从者，“用长钉钉其两手于板，仍逼淫之”。血腥屠杀之后，清兵便四出掠夺财物。“兵丁每遇一人，辄呼蛮子献宝，其入悉取腰缠奉之，意满方释。遇他兵，勒取如前。所献不多，辄砍三刀。至物尽则杀。故僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍位能非一人所致也”。大屠杀持续了一日，约三
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