。他只有一个信念，那就是一定要活下去，一定要把史记写完。
“是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知所往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也。”
为了完成先父的遗愿，为后人留下一部信史，他忍辱负重地活了下来，在困厄潦倒之中发愤著书，终于完成了不朽的史学巨著《史记》。因《史记》对史实据实实录，在称赞汉武帝功德的同时，也斥责了汉武帝“内多欲而外施仁义”，汉武帝对此勃然大怒，将《史记》手稿付之一炬。
司马迁有一位叫任安的好友。因“戾太子事件”被斩。狱吏在搜查其遗物时发现了一封司马迁写给任安的书信，信中告诉任安，他之所以在蒙受奇耻大辱之后还顽强地活下来，就是为了完成《史记》的著述。汉武帝见信后大怒，加上一伙对司马迁极为不满的宠臣的谗言，司马迁遭受迫害，于公元前87年去世，终年56岁(一说60岁)。
司马迁育有二子一女：长子司马临，字与仲;次子司马观，字何求;女儿司马英。据传说，悲痛中的司马迁夫人(妻子柳倩娘、侍姬随清娱)为了保住《史记》副稿，免遭满门抄斩之祸，便让两个儿子身藏《史记》副稿，逃回故乡韩城。
司马迁族人怕株连九族，连夜由族长司马厚召集主事人共同商议，决定改姓和迁居。长门在“马”字旁加两点，改姓“冯”;次门在“司”字旁加一竖，改姓“同”，逃往荒无人烟的巍山老牛坡下，定村名为“续村”，表示“高门之续”;后又担心被官家识破，取同音字为“徐村”。“徐”、“续”同音，又有“余村双人”(或说仅余二人)寓意，暗指司马迁有两子，即长子司马临，次子司马观，以表明司马氏家族后继有人。
司马迁父子都是西汉太史官，后裔逃匿“徐村”后，为祭祀祖宗司马迁，合族兴建了“汉太史遗祠”。从此，司马迁的后代便分别姓“冯”和“同”了。