。民间搜不到，朱棣决定调整工作重心，把搜捕唐赛儿的重点放到了佛门。朱棣之所以这么做，某认为有以下原因：
一者，搜捕人员为了推卸搜查不利的责任，有可能以唐赛儿入佛门来搪塞朱棣。
二者，佛门弟子远离世俗，官府一般不介入，唐赛儿兵败后极有可能混入佛门避难。
三者，唐赛儿起义时，曾自称“佛母”，朱棣以此认为唐赛儿与佛门有着某种关联。史料中也有相关记载，朱棣因“唐赛儿久不获，虑削发为尼或处混女道士中，遂命法司，凡北京、山东境内尼及道站，逮之京诘之”。
于是，朱棣下令将北京、山东的尼姑、女道士统统逮捕，押送朝廷审讯。同年七月，朱棣又命段明为山东左参政，继续搜索唐赛儿。段明为了完成这一任务，不仅把山东、北京的尼姑逐一搜查，全部捕捉，甚至还逮拿了全国范围内的数万名出家妇女。关于此事，《明史》也有简单记载：永乐十八年二月，山东蒲台唐赛儿反，唐赛儿不获，溟逮天下出嫁尼姑万人。一直到朱棣病逝，他一心想捉拿到唐赛儿的愿望也没能实现。明朝强大而又严密的特务、巡察机构，在捉拿唐赛儿的问题上，因为不得民心，即使想出通过捕捉天下尼姑的荒唐、极端的办法，最终也无济于事，得到的结果是“赛儿卒不获，不知所终”。唐赛儿究竟哪儿去了？多少年来，不少历代史学家，为了寻觅这位巾帼英雄的最后归宿，穷经皓首，至今仍无定论。