击。日本行省很可能默认了这一计划。
东路军没有再等待江南军的到来，而是先绕过对马和壹岐，于6月6日南下进攻博多湾。
由于镰仓幕府早在首次遭受蒙古来袭之后，就在博多沿岸构筑了石堤等防御工事，而且有四万日本武士严加守卫，元军很难找到合适的登陆地点，于是转而进军守备相对薄弱的志贺岛。
志贺岛地形狭窄，使得元朝大军团难以发挥优势，反而使得日本武士单兵作战习惯的优势得以发挥。元军在志贺这个小岛没有取得任何实质性进展。
当天夜里，日军借助夜色对停泊在志贺岛沿海的元军船只发起袭扰，且偷袭成功，焚船而逃。
元军自此加强了戒备。
日方的偷袭不但不能奏效，反而导致本国武士死伤惨重，随即下令停止夜袭。但是像伊豫国御家人河野通有这样的顽强武士仍旧坚持连续袭扰元军。
6月7日黄昏时分，河野通有带着两艘小船对元军船只发起自杀式突袭。偷袭行动被元舰发现之后，一时间矢石如雨，河野通有五名部下立时横尸船头，其伯父也在随后的战斗中负箭身亡，河野通有本人则被石弩击中。
接下来的几天里，元日两军继续发挥各自己的优势进行对垒。面对大军压境，日军不能将元军逐出志贺岛及其附近海域，但是元军也未能成功突破日军防线，登陆该岛。双方陷入了胶着状态。
日本《八幡愚童训》记载：“六日至十三日，昼夜合战不休”。