进京40天后突然间失去了战斗力，在清军的攻击下一触即溃，兵败如山倒，而且从此一蹶不振?
仔细的研究历史，或许我们能得出一个惊人的结论，原来李自成并非败于满清和吴三桂，而是败于当时肆虐横行的鼠疫!
鼠疫是鼠疫杆菌借鼠蚤传播为主的烈性传染病系广泛流行于野生啮齿动物间的一种自然疫源性疾病，也叫做黑死病。临床上表现为发热、严重毒血症症状淋巴结肿大、肺炎、出血倾向等。
本病远在两千多年前即有记载。世界上曾发生三次大流行，第一次发生在公元6世纪，从地中海地区传入欧洲，死亡近1亿人;第二次发生在14世纪，波及欧、亚、非;第三次是18世纪，传播32个国家。14世纪大流行时波及我国。
按照北京周边的大兴县志记载，李自成进京前，北京出现了大量死耗子，随后军民发病，高烧、四肢无力、脖子肿大，而且患病者十死七八。这是什么病?按现代医学对照病症一看，这原来是可怕的鼠疫，大头瘟或疙疽所描述的其实就是腺鼠疫的典型特征———淋巴肿大。
鼠疫于崇祯16年秋出现，17年(公元1644年)春天，天气转暖，跳蚤、老鼠开始趋向活跃，大规模的鼠疫自然爆发，鼠疫先“消灭”了崇祯的御林军，让李自成轻松进京。
可以说鼠疫先是帮助了李自成，灭了明朝。后又帮助满清灭了李自成。当真是天道不公也！
然后，鼠疫又感染了进入北京城的李自成大军，起义军自然战斗力大减，当然打不过清兵。最可怕的是，败兵因此成了鼠疫传染源，据文献记载“贼过处皆大疫”。因此李自成虽然此时财雄天下，可以大规模招兵买马，但新兵入伍即染鼠疫失去战斗力，兵力再多也没用，始终无法抵挡满清的虎狼之师。
由于军人是集体生活，所以鼠疫流行对古代军人的打击是毁灭性的。鼠疫蔓延军营，且长时间无法摆脱，李自成的精神遭受毁灭性打击，因此痛失江山并一蹶不振，“无可奈何花落去”。以当时的科技水平，无论是崇祯或是李自成都不可能了解这种可怕传染病，都不知道自己的精锐部队已经在短时间内失去
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