及其随从移交给清军。吴三桂随即撤出缅境。康熙元年(1662)3月，永历帝及其眷属被押回云南昆明。吴三桂认为若押解回北京，路途十分遥远，担心发生意外，建议就地处决，清廷准奏。4月，永历帝被处死。南明永历朝廷至此烟消云散。
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在晚明的最后几十年中，南明政权曾希望借助于天主教的力量，弘光帝就曾派人去澳门搬兵求援，而永历帝作为南明政权最后一个即帝位的人也曾如此。
1646年，澳门葡萄牙当局发兵300、携大炮数门前来助战，一时使南明收复了不少失地。为了感谢传教士，1648年永历帝家族皆入教，同时宫中受洗的还有嫔妃50人，大员40人，太监无数。其嫡母王太后、妻子王皇后、太子慈炫都进行过洗礼，但永历帝本人则并未受洗。
1648年10月再度危机，永历帝再次派人赴澳门求援，澳门的葡萄牙当局仅以火枪百枝相助，显得微不足道。于是，王太后又决定派使臣陈安德与传教士卜弥格直接赴罗马向教宗求援。她在致罗马教宗的书信中诚恳地祈求“天主保佑我国中兴太平”，并希望教廷“多送耶稣会士来”中国“广传圣教”。此书信历时两年之久方才抵达。而当卜弥格携教宗复书返回抵交趾(安南)时，已经是1658年8月，南明政权已经濒于瓦解，教宗的回信最终亦未能送到永历帝之手。
中原王朝的太后向罗马教廷派遣使节，这在中国历史中是非常罕见的。