昌府的民变平息后，朱承宗在城外设下高台，当著数万百姓的面，将煽动闹事的豪强赵三麻子斩首，随后宣布：「凡无地、少地的百姓，均可向官府申请开垦抛荒土地，三年免征赋税。
之前被豪强强占的土地，一律归还原主。」
百姓们亲眼看到作恶的豪强被惩处，又得知自己能分到土地，对清丈的抵触情绪瞬间消散，反而纷纷主动配合清田队，揭发身边隐匿田产的行为。
除了藩王、官绅隐匿的田产，朱承宗的清丈团队还重点清查了抛荒与逃亡地、屯田流失与军地混淆的土地。
经过旱灾和起义，山东有大量土地因百姓逃亡而抛荒，这些土地有的被豪强趁机侵占，有的则无人管理。
而军屯田则因管理混乱，大量被军官、豪强私吞，与民田混淆不清。
清田队深入偏远乡村，逐一核实抛荒土地的归属，将被侵占的抛荒地收归官府，再分配给流民耕种。
对于军屯田，则严格按照朝廷存档的军籍文书，重新划分边界，将被私吞的军屯田收回，交由当地卫所管理，要求卫所士兵重新屯田，恢复军粮自给。
经过两年多的努力，这些原本「消失」的土地，共清查出7万顷，重新纳入朝廷的赋税体系。
在整个清丈过程中，朱承宗的手段酷烈到了极致。
对于拒不配合的官员、豪强，无论是一品大员的亲属，还是地方望族的族长，只要触犯律法，一律严惩不贷。
两年多时间里，山东共有12名知州、知县因「包庇豪强、隐匿田产」被斩首，30余名官员被流放边疆，200余名乡绅、庄头被处死。
尤其是那些在受灾地区，敢违背圣意继续征收赋税、克扣赈灾粮的官员胥吏，朱承宗更是毫不留情，一律凌迟处死，其家产全部充公，用于赈灾和安抚百姓。
济南府的一名粮道官员，在朝廷蠲免赋税期间，仍私自向百姓征收粮食，还克扣了三成赈灾粮。
事情败露后，朱承宗下令将其凌迟处死，在府衙前示众三日，消息传开后，再也没有官员敢私自征税、克扣赈灾粮了。
百姓们见状，纷纷称赞朱承宗「为民做主」，之前对清丈的疑虑彻底打消，全力支持清丈工作。
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