士并未真正离开，而是隐藏在信徒家中，继续开展秘密传教。
天主教大名也依旧暗中扶持基督教，小西行长、大友宗麟等人甚至公开抵制禁教令，使得基督教的势力并未受到实质性的打击。
庆长八年（1603年），德川家康受封征夷大将军，在江户建立幕府，开启了江户时代。
幕府建立初期，为笼络南蛮贸易，进一步获取西洋火器与财富，对基督教的态度更为缓和，甚至一度默许传教活动的开展。
此时的传教活动，虽已转入半地下，但各修会依旧活跃。
奥古斯丁会便是其中的佼佼者，他们避开京都、大阪等幕府核心管控区域，深耕九州，凭借灵活的传教方式，在长崎、岛原、天草一带扎根，与当地的信徒建立了深厚的联系。
奥古斯丁会，又称圣奥古斯丁修道会，是天主教最古老的托钵修会之一，以「清贫、简朴、传道」为宗旨。
与耶稣会侧重与上层领主交涉不同，奥古斯丁会的传教士更倾向于深入民间，扎根贫苦百姓之中，用接地气的方式传播教义。
他们学习当地的方言，改编日本的和歌、民间故事，将天主教教义融入其中，让百姓更容易接受。
同时，他们还开设义垫，为贫苦儿童传授知识，施医赠药，赢得了百姓的广泛信任。
在九州，奥古斯丁会的信徒多为渔民、农民与町人，这些人虽身份低微，却遍布各地，形成了一张庞大的秘密传教网络。
这种相对宽松的局面，并未持续太久。
德川幕府巩固统治后，对任何可能威胁皇权的势力，都采取了残酷的镇压手段。基督教的跨地域凝聚力与外来属性，自然成为了幕府的眼中钉。
庆长十九年（1614年），德川秀忠颁布全国禁教令，彻底改变了基督教在日本的命运。
禁教令明确规定，驱逐所有外国传教士，拆除所有教堂，强迫基督教信徒改宗，对拒绝改宗者，予以残酷镇压。
此后，幕府的禁教政策愈发严苛。
传教士被大批驱逐，不少留在日本的传教士，被逮捕后遭受酷刑，甚至被处以火刑、钉十字架。
信徒被强迫践踏十字架、饮用猪血（象征背弃基督教），拒绝者则会被处
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