会装作教导商人子弟读书写字，午后则借口外出采购，与分散在长崎町内的信徒秘密联络，为他们主持洗礼、忏悔等宗教仪式，安抚信徒的情绪，鼓励他们坚守信仰。
长崎是幕府禁教的核心管控区，奉行所的巡查兵每天都会在街头巡逻，挨家挨户排查可疑人员，一旦发现与基督教相关的痕迹，便会立刻逮捕。
为了躲避排查，弗朗西斯科从不随身携带十字架、圣经等圣物，信徒们也会将宗教书籍藏在墙壁的夹层、地下的地窖中，每次聚会都选择在深夜，且人数极少，结束后会彻底清理痕迹，不给巡查兵留下任何线索。
除了秘密传教，弗朗西斯科还有一个更重要的任务。
收集幕府的军政情报。
他利用自己「葡萄牙商人家庭教师」的身份，频繁接触往来于长崎港的商人、水手，从他们口中打探幕府的兵力部署、禁教镇压计划、物资运输等信息。
同时，他还联络了长崎奉行所的一名底层杂役（也是秘密信徒），获取幕府的官方文书副本，将这些情报整理后，通过秘密渠道，传递给岛原的增田义次集团。
增田义次，曾是小西行长的得力部下，自幼信仰基督教，是一名坚定的天主教信徒。
关原之战后，小西行长战败被杀，其旧部大多沦为浪人，增田义次便带领这些浪人，潜伏在岛原半岛，暗中联络被幕府镇压的基督教信徒，组建了一支反幕武装。
弗朗西斯科与增田义次早已相识，两人有著共同的目标。
反抗德川幕府的禁教镇压，恢复基督教在日本的传播，因此，弗朗西斯科成为了增田义次集团获取幕府情报的核心眼线。
这日清晨，长崎的雾比往常更浓，弗朗西斯科刚结束一场秘密忏悔仪式，回到商人家中，便收到了一封来自天草方向的密信。
密信是用暗号写的，字迹潦草，显然是匆忙之间写下的，上面只有三个短语：「水之鱼」「寻药」「潮升」。
弗朗西斯科瞬间绷紧了神经，他立刻关上房门，拉上窗帘，小心翼翼地解读暗号。
这些暗号，是他与天草地区的秘密信徒约定好的，只有核心成员才能看懂。
「水之鱼」，指代的是基督教秘密信徒，尤
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