杜文焕便下令将李老根斩首示众，以做效尤，同时派人清理西安府城内的残余乱民，整顿西安府的局势。
平定西安府后，杜文焕便率领大军前往陕西其他府县，清剿残余的乱民。
此时的陕西各地大多已经投降，只有凤翔府、汉中府还有少数顽固分子负隅顽抗。
杜文焕率领大军一路势如破竹，先后平定了凤翔府、汉中府，清剿了所有残余的乱民，斩杀了乱民首领。
短短一个多月的时间，杜文焕便率领大军平定了陕西全省的民变，完成了朝廷交给的平叛任务。
平叛结束后，杜文焕便按照朝廷的旨意开始处置那些参与民变的乱民。
将那些顽固抵抗、拒不投降的乱民全部贬为奴隶，押解至朝鲜、辽东、台湾、琉球等地屯田。
将乱民首领的家春及其亲信一律流放至边疆屯田。
对于那些主动投降的乱民，则按照朝廷的旨意赦免他们的罪行，发放粮食和农具，让他们返乡归田，恢复生产。
与此同时，清田司、救灾司的官员也已经抵达陕西，按照朝廷的旨意开展工作。
清田司的官员深入陕西各地，清查豪强劣绅隐瞒的土地，追缴他们贪污的赈灾款，严惩那些与乱民勾结、瞒报灾情的地方官员和御史。
陕西的豪强官员们平日里欺压百姓、贪污受贿，无恶不作，如今面对清田司的清查，一个个惶惶不可终日，纷纷被查出罪行，有的被斩首示众，有的被流放边疆，有的被贬为庶民，家产被全部抄没用于赈灾。
救灾司的官员则全力开展救灾工作，在陕西各地开设粥棚，发放赈灾粮款，安置受灾的百姓，同时推广番薯、玉米等高产作物，疏通水利，指导百姓们开垦荒地，恢复生产。
朝廷下拨的三十万石赈灾粮、五十万两白银以及大批农具和种子也陆续运往陕西，发放到百姓们的手中。
百姓们得知消息后心中大喜，纷纷感激朝廷的救济，主动返乡归田，投入到春耕生产之中。
草原察哈尔部、土默特部的士兵协助平叛结束后，杜文焕便按照朝廷的旨意给予了他们少量的赏赐，随后令他们返回草原。
杜文焕随后便下令加强陕西边境的防务，留半数兵卒驻守延绥镇
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