而，董卓并没有放过他们的打算，他率领军队追杀过去。一时间，喊杀声、马蹄声响彻整个山寨，所过之处血流成河，一片狼藉。
半年之间，董卓率军打掉山贼巢穴三十余处，斩杀山贼上万。其威名远播，河东郡百姓无不拍手称快。
然，朝廷局势风云突变。宦官王甫陷害忠良，贪赃枉法，终被士族抓住把柄。加之宦官内部争斗激烈，曹节、赵忠、张让对王甫早有除之之心。汉灵帝闻之大怒，将王甫抓捕关入天牢。而太尉段颎，因与王甫素有牵连，亦受牵连入狱。
段颎深知自己大势已去，于狱中服毒自尽。段家一夜之间分崩离析，众多段氏后人惶惶不可终日，纷纷寻找靠山。段颎族弟段煨，深知董卓曾受段颎大恩，特来投靠，以求保全自身。
董卓见段煨来投，欣然接纳，叹道：“段公昔日之恩，吾未敢忘。今忠明来投，吾定当护汝周全。”段煨非常感动，遂二人焚香祭拜段颎，以表哀思。
然，有人借此诬陷董卓与段颎、王甫有所勾结。一时之间，董卓被士人口诛笔伐，舆论压力如山而来。
朝中大臣纷纷上书弹劾董卓，言其与奸佞为伍，有不轨之心。董卓心灰意冷无奈，叹曰：“吾一心为国，剿贼安民，却遭此污蔑。”遂辞去太守之职，回凉州而去。
董卓离河东之日，百姓夹道相送，皆感其剿贼之恩。董卓回望河东，心中感慨万千：“吾虽离去，然此心不改，若有朝一日，必再为天下谋太平！”
武孚本想着为董卓辩解几句，可许攸劝道：“董卓之举犹咎由自取，德瑜何必为一武夫而牵扯自身！”
张孟卓、何颙、吴巨、等人都劝武孚，武孚无奈听从没在管董卓之事。
此后，天下局势愈发混乱，而董卓之命运，亦在这乱世之中，跌宕起伏……