发现自己的反抗在皇太子的绝对实力面前，竟是如此不堪一击，对皇太子几乎没有造成任何影响。此刻，他们心中只剩下无尽的悔恨，可一切都已为时已晚。
就在朱慈烺在王铎府邸处置这些官员的同时，高文采和孙应元也按照朱慈烺的命令，在京师城内大肆抓捕参与谋逆的勋贵。经过一夜的搜捕，又有九家勋贵被抄家，他们的族人也全部被锦衣卫抓获，押往太庙等候发落。这九家勋贵分别是：安远侯柳柞昌、成安伯郭柞永、南和伯、东宁伯、武定侯、宁晋伯等，都是在京师有着举足轻重地位的勋贵家族。
锦衣卫和护国军的总兵力虽然有三万多人，但由于此次要抓捕的官员、勋贵及其族人数量众多，加上需要查抄他们的家产，整个行动足足持续了一夜加半个上午，才最终将所有参与动乱的勋贵和官员一网打尽。
据统计，此次行动共抓获文武官员四百三十多人，其中有二十一人因反抗或出言不逊，被当场诛杀；参与动乱的士绅商贾有四百七十多家，侯伯勋贵有九家。根据朱慈烺的命令，直接被宣布诛灭九族的有二百四十五家，剩下的则全部被诛灭三族。按照这个规模，明天中午在太庙门前的广场上，将有八千多人被公开处死，这无疑将是大明开国以来最为惨烈的一次“祭祖”。
太庙位于承天门到午门这条中轴线的东面，紧邻六科直房，始建于永乐十八年，占地二百余亩，是大明皇室祭祀列祖列宗的圣地。太庙的建筑严格按照“敬天法祖”的传统礼制建造，大殿内的天花板及廊柱上都贴满了赤金花，制作精细，装饰豪华，尽显皇家的威严与气派。
太庙的东配殿内，供奉着大明历代有功皇族的神位；西配殿内，则供奉着一些为大明立下赫赫功勋的异姓功臣的神位，如徐达、常遇春、戚继光等。这些神位，都是大明的荣耀象征，见证着大明两百多年的兴衰荣辱。
然而，此刻的太庙广场上，却早已没有了往日的庄严肃穆。数百名被抓获的官员、士绅及其家人族人，被锦衣卫和护国军将士们押解到这里，按倒在地，整整齐齐地跪成了无数排。他们的脸上满是恐惧与绝望，哭声、求饶声此
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