各部将领见报名者太多，不忍将满腔热血的壮士拒之门外，便纷纷请示朱慈烺。朱慈烺也深知“千军易得，一将难求”，更明白此时多储备些有血性的青壮，未来便是大明中兴的根基，便同意各部暂时超额招募，只是叮嘱道：“如今招募的六万人，还需经过严格训练与筛选，最终能留下五万人便已是不错的结果，务必保证护国军的战斗力。”
兵源问题解决后，军队内部的编制调整也提上了日程。威武营作为朱慈烺的东宫旧部，是他最信任的核心力量，如今护国军规模扩大，急需可靠的中高层将领稳定军心。朱慈烺当即决定，威武营原有五百人只保留一百五十人继续驻守，其余三百五十人全部调往龙腾军、虎喷军、虎豹骑三部，担任千总、团总等职务。
这样的安排看似削弱了威武营，实则是将核心力量渗透到护国军各部。这些东宫旧部对朱慈烺忠心耿耿，无论何时都能做到一呼百应，有他们在各部坐镇，朱慈烺便能牢牢掌控整个护国军。
军队规模扩大，驻地问题也随之而来。原京营驻地地势开阔、设施相对完善，朱慈烺便将其划归龙腾军，作为龙腾军的训练与驻扎之地；万岁山原本是威武营的驻地，如今已无法容纳扩充后的队伍，便将威武营调往原勇卫营驻地；虎喷军则由黄得功率领，驻扎在城外刚修建完成的皇庄训练场。这里不仅有开阔的练兵场，还有配套的营房与后勤设施，足以满足虎喷军的需求。
而护国军最大的军营，当属仍在建设中的西山军营。这座军营由三万工匠与流民共同修建，规划宏大，建成后可容纳二十万大军同时演练。按照工程进度，再有半个月便可完工，届时这里将成为虎豹骑的专属军营与训练基地。
然而，虎豹骑的扩编也带来了新的难题。战马短缺。朱慈烺计划将虎豹骑规模扩充至五万人，若要实现“一人双马”甚至“一人三马”的配置，以提升骑兵的机动性与持续作战能力，大明现有的马场根本无法满足需求。
朱慈烺当机立断，先是传旨给大明各地马场，要求将所有合格的战马紧急调往京师，优先供应虎豹骑；紧接着，又给驻守山西的燕雄鹰、猛
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