样样都做得井井有条，朱慈烺又加封他为昌平总兵，让他全权负责昌平的防务，防备建奴入关劫掠。
阎应元也确实没有辜负朱慈烺的信任，把昌平治理得固若金汤。他不但积极响应皇太子的号召，在昌平推行分田政策，让百姓都有地种、有饭吃，深得民心；还亲自着手训练兵马，几年时间下来，练出了整整六千精兵。这些士兵军纪严明，训练刻苦，装备精良，战斗力远超普通的明军边军。
而阎应元最厉害的地方，还不止于此。他在昌平经营多年，深得百姓拥戴，只要他一声令下，昌平城内的青壮百姓都能拿起兵器上城防守，真正做到全民皆兵。这也正是历史上，小小的江阴城，为何能在二十多万清军的围攻之下，坚守整整八十一天，全城军民无一人投降的核心原因——民心所向，众志成城，再加上一位擅守的主将，便能爆发出惊人的力量。
这次得知建奴即将再次入关的消息，朱慈烺特意把陈明遇和冯厚敦二人派到了昌平，协助阎应元守城。如此一来，历史上赫赫有名的“抗清三公”，便在昌平聚首了。
当然，按照朱慈烺的安排，主将依旧是阎应元，陈明遇和冯厚敦二人，名义上只是两个千总。
不过阎应元丝毫没有总兵的架子。陈明遇和冯厚敦到任之后，没过多久，阎应元就发现这两人绝非等闲之辈，无论是练兵的思路，还是守城的谋划，都有独到之处，见解不凡。阎应元本就不是嫉贤妒能之人，反而十分惜才，他完全放下了自己总兵的身份，和两人平等相交，平日里一起讨论军务，一起巡查城防，相处得十分融洽。三人配合默契，把昌平的防务打理得滴水不漏。
这些日子，建奴入关的消息传来，阎应元三人丝毫不敢大意，派出了十几路夜不收，日夜不停打探建奴的动向。前几日密云大战，护国军大获全胜，痛击建奴主力的消息传回来，整个昌平都为之振奋。三人更是摩拳擦掌，盼着能有机会上阵杀敌，也立下一份功劳。