多人认清巫教的虚妄，武乙还组织学者整理“历史案例”——收集历代商王不依赖占卜、凭借自身判断做出正确决策的事例（如武丁征伐土方时，未信占卜“凶”的结果，最终大胜），通过官方渠道（如史官宣讲、刻写甲骨文公告）在王都与诸侯领地传播。同时，他鼓励民众关注“现实生活”，而非沉迷于“神灵祈福”，提出“勤勉耕作则粮食足，奋勇杀敌则边疆安”的理念，引导民众将精力放在改善生活、保卫国家上，逐步削弱“神灵崇拜”在民众心中的地位。
这一举措虽未能彻底消除民众对神灵的敬畏，却打破了“巫师垄断天意解读”的局面，让越来越多的人开始质疑巫教，为后续打击巫权奠定了思想基础。
在思想宣传的同时，武乙着手从“政治层面”收回权力——他颁布诏令，明确规定“国家重大决策（如出兵、迁都、封赏），由商王与核心大臣（三公、卿士）共同商议决定，巫师不得干预；占卜结果仅作为参考，不得作为决策依据”。
为了落实这一规定，武乙采取了两项关键措施：
取消巫师“参与朝政议事”的资格，禁止巫师未经允许进入朝堂；此前由巫师主管的“祭祀事务”，改由王室贵族（如太宰）兼任，巫师仅负责具体的祭祀仪式，无权决定祭祀的对象、时间与规格。
对于敢于公开反对诏令、仍以“天意”干预决策的巫师，武乙毫不手软。例如，一位资深巫师曾在祭祀仪式上公开指责武乙“违背神灵，恐遭天谴”，武乙当即下令将其关押，随后组织大臣与民众公开审判，列举其“多次占卜失误、收受贿赂篡改占卜结果”的罪证，最终将其流放边疆——这一事件震慑了所有巫师，让他们不敢再轻易挑战王权。
通过这些举措，武乙逐步收回了被巫教占据的政治权力，让王权重新成为商朝的核心决策力量。据甲骨文记载，武乙在位期间，“巫师干预朝政”的记录仅出现过3次，远少于庚丁时期的15次，王权的权威性得到显著提升。
为了防止巫教势力死灰复燃，武乙还从“制度层面”巩固成果——他改革行政体系，建立以“王权为核心”的管理架构：
增设“司政”“司军
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