黜阴皇后的后位。邓绥得知此事后，念及往日情分，曾多次向汉和帝求情，希望能赦免阴皇后的罪过，可终究未能成功。经此一事，汉和帝愈发认定邓绥贤良淑德，堪当后位，便将立后之意，悉数寄托在了她的身上。
可邓绥却依旧保持着谦逊的本心，她屡次向汉和帝上书，称自己身患重病，深居简出，以此婉拒皇帝的召幸，不愿趁人之危，夺取后位。此时，朝中大臣纷纷上奏，请求汉和帝早日册立新皇后。汉和帝看着满朝奏折，坚定地说道：“皇后之位尊贵无比，与朕乃是一体，上承宗庙祭祀，下为天下之母，岂是轻易可以册立的？纵观后宫诸人，唯有邓贵人德行冠绝后庭，才配得上这皇后之位啊！”
同年冬十月辛卯日，汉和帝正式颁布诏书，册立邓绥为皇后。邓绥接到诏书后，依旧再三辞让，实在无法推脱，这才遵从圣命，登上了皇后之位。即位之后，她亲手撰写表书，呈递给汉和帝，在表书中，她深深陈述自己德行浅薄，恐怕难以担当起皇后的重任，言辞恳切，令人动容。
阴皇后在位之时，四方藩国进贡的奇珍异宝，皆以奢华程度论高低，贡品之上，无不饰以金银珠宝，极尽奢靡之风。而自从邓绥成为皇后，她便立刻下令，严禁四方藩国进贡奢靡无用之物，规定每年只需进贡纸墨即可。这一举措，不仅大大减轻了藩国的负担，更在宫中树立了勤俭之风。而源源不断送入宫中的纸墨，也为后来蔡伦改进造纸术，提供了充足的物质条件，推动了中国古代造纸技术的革新与发展。
汉和帝感念邓绥的贤德，又念及邓氏一族的功绩，多次想要册封邓绥的家族成员。可每当此时，邓绥都会极力谦让，苦苦哀求汉和帝收回成命。因此，在整个汉和帝在位期间，邓绥的兄长邓骘，也不过只是担任虎贲中郎将一职，并未因皇后的关系而身居高位、手握重权。邓绥的这份远见与克制，不仅稳固了自己的后位，更避免了外戚专权的隐患，为东汉王朝的稳定，埋下了重要的伏笔。